43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0892 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_3058  bacteriophage replication gene A protein  54.81 
 
 		 760 aa  774    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00583111  decreased coverage  0.000000000126727 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4357  replication gene A protein  56.23 
 
 		 707 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.417362  hitchhiker  0.000000000116527 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4315  replication gene A protein  55.85 
 
 		 761 aa  806    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.908807  hitchhiker  0.000153162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3164  replication protein A  62.5 
 
 		 767 aa  943    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0892  replication gene A  100 
 
 		 759 aa  1584    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.427848  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0874  replication gene A  56.55 
 
 		 687 aa  705    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0744565  normal  0.152153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0988  replication gene A protein  55.98 
 
 		 758 aa  806    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1832  replication gene A protein  45.27 
 
 		 731 aa  600  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0199047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2086  replication gene A  43.66 
 
 		 730 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2322  replication gene A  31.46 
 
 		 851 aa  344  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0971146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3837  replication gene A  36.79 
 
 		 684 aa  341  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546581  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3505  bacteriophage replication gene A  35.11 
 
 		 740 aa  332  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14007  normal  0.112396 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3496  replication gene A protein  35.95 
 
 		 673 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.35531e-26 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2941  replication gene A protein  36.06 
 
 		 673 aa  314  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.3159e-27 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2638  replication protein A  32.1 
 
 		 836 aa  295  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250136  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0712  bacteriophage replication gene A  39.74 
 
 		 782 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0364849 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2663  bacteriophage replication gene A protein  33.74 
 
 		 940 aa  254  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.978524  hitchhiker  0.000159961 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0918  putative replication gene A protein  32.26 
 
 		 804 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0157966  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1020  phage replication protein  29.37 
 
 		 837 aa  241  4e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2784  replication gene A  31.55 
 
 		 790 aa  241  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0528107  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1350  bacteriophage replication gene A  36.32 
 
 		 803 aa  240  9e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0558946  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0916  replication gene A protein  33.17 
 
 		 550 aa  238  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3057  bacteriophage replication gene A  35.37 
 
 		 798 aa  237  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  normal  0.491579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0688  bacteriophage replication gene A  32.93 
 
 		 893 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.754917  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0831  bacteriophage replication gene A  36.17 
 
 		 563 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0975  bacteriophage replication gene A  36.17 
 
 		 563 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2609  bacteriophage replication gene A  35.88 
 
 		 640 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.875079  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2615  replication gene A  35.28 
 
 		 659 aa  215  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00951013  hitchhiker  0.00000000000132404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2581  replication gene A  35.28 
 
 		 659 aa  215  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609775  hitchhiker  0.000126543 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05016  hypothetical protein  35.67 
 
 		 628 aa  214  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1066  hypothetical protein  33.47 
 
 		 849 aa  213  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003288  putative replication protein  36.78 
 
 		 514 aa  212  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.759025  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2920  replication gene A  30.71 
 
 		 759 aa  200  9e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.663672  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1277  bacteriophage replication gene A  31.23 
 
 		 743 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.280634  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003461  hypothetical protein  35.26 
 
 		 676 aa  193  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1363  bacteriophage replication protein  31.87 
 
 		 597 aa  190  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.291469  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2080  replication protein A  32.16 
 
 		 602 aa  184  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1837  bacteriophage replication protein  31.94 
 
 		 711 aa  177  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00835  hypothetical protein  30.85 
 
 		 481 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.40375  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00819  conserved hypothetical protein  30.85 
 
 		 481 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0739  putative phage replication protein  34.78 
 
 		 158 aa  64.7  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1099  radical SAM domain-containing protein  23.85 
 
 		 403 aa  57.4  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0020  bacteriophage replication gene A protein  23.85 
 
 		 403 aa  57.4  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>