46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003288 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003288  putative replication protein  100 
 
 		 514 aa  1073    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.759025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2609  bacteriophage replication gene A  43.42 
 
 		 640 aa  375  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.875079  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0831  bacteriophage replication gene A  40.99 
 
 		 563 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0975  bacteriophage replication gene A  40.99 
 
 		 563 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3496  replication gene A protein  40.62 
 
 		 673 aa  279  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.35531e-26 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3505  bacteriophage replication gene A  39.53 
 
 		 740 aa  276  8e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14007  normal  0.112396 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2941  replication gene A protein  40.36 
 
 		 673 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.3159e-27 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003461  hypothetical protein  39.72 
 
 		 676 aa  273  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1363  bacteriophage replication protein  41.6 
 
 		 597 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.291469  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3837  replication gene A  40.93 
 
 		 684 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546581  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0712  bacteriophage replication gene A  34.31 
 
 		 782 aa  257  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0364849 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0688  bacteriophage replication gene A  39.24 
 
 		 893 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.754917  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1020  phage replication protein  35.25 
 
 		 837 aa  250  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1837  bacteriophage replication protein  33.89 
 
 		 711 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1066  hypothetical protein  35.67 
 
 		 849 aa  246  9e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2322  replication gene A  40.22 
 
 		 851 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0971146  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2638  replication protein A  39.39 
 
 		 836 aa  232  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250136  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2615  replication gene A  37.56 
 
 		 659 aa  229  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00951013  hitchhiker  0.00000000000132404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2581  replication gene A  37.56 
 
 		 659 aa  229  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609775  hitchhiker  0.000126543 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3058  bacteriophage replication gene A protein  36.24 
 
 		 760 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00583111  decreased coverage  0.000000000126727 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4315  replication gene A protein  36.24 
 
 		 761 aa  216  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.908807  hitchhiker  0.000153162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4357  replication gene A protein  37.89 
 
 		 707 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.417362  hitchhiker  0.000000000116527 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3164  replication protein A  34.39 
 
 		 767 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0988  replication gene A protein  36.24 
 
 		 758 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357702  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2663  bacteriophage replication gene A protein  37.03 
 
 		 940 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.978524  hitchhiker  0.000159961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1350  bacteriophage replication gene A  34.69 
 
 		 803 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0558946  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2784  replication gene A  32.49 
 
 		 790 aa  201  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0528107  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0918  putative replication gene A protein  32.8 
 
 		 804 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0157966  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3057  bacteriophage replication gene A  32.8 
 
 		 798 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  normal  0.491579 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0874  replication gene A  33.51 
 
 		 687 aa  197  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0744565  normal  0.152153 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1277  bacteriophage replication gene A  36.42 
 
 		 743 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.280634  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2920  replication gene A  36.42 
 
 		 759 aa  193  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.663672  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0892  replication gene A  36.78 
 
 		 759 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.427848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2080  replication protein A  34.67 
 
 		 602 aa  183  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05016  hypothetical protein  29.95 
 
 		 628 aa  171  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0916  replication gene A protein  31.36 
 
 		 550 aa  169  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2086  replication gene A  33.24 
 
 		 730 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1832  replication gene A protein  34.66 
 
 		 731 aa  151  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0199047  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00835  hypothetical protein  39.36 
 
 		 481 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.40375  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00819  conserved hypothetical protein  39.36 
 
 		 481 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0739  putative phage replication protein  40.62 
 
 		 158 aa  67.4  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1212  nucleoside diphosphate kinase (NDK; NDP kinase; nucleoside-2-P kinase)  24.91 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2273  bacteriophage replication gene A protein  23.96 
 
 		 446 aa  52.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0189  bacteriophage replication gene A protein  23.96 
 
 		 446 aa  52.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0345  bacteriophage replication gene A protein  26.87 
 
 		 349 aa  46.2  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00229626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0927  hypothetical protein  32.65 
 
 		 133 aa  43.9  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255539  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>