43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003461 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003461  hypothetical protein  100 
 
 
676 aa  1412    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003288  putative replication protein  39.72 
 
 
514 aa  273  8.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.759025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2609  bacteriophage replication gene A  39.84 
 
 
640 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.875079  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0975  bacteriophage replication gene A  40.95 
 
 
563 aa  242  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0831  bacteriophage replication gene A  40.95 
 
 
563 aa  242  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0712  bacteriophage replication gene A  34.11 
 
 
782 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0364849 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1363  bacteriophage replication protein  37.84 
 
 
597 aa  226  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.291469  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3496  replication gene A protein  39.12 
 
 
673 aa  225  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  2.35531e-26 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3505  bacteriophage replication gene A  38.74 
 
 
740 aa  223  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14007  normal  0.112396 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2941  replication gene A protein  38.84 
 
 
673 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  2.3159e-27 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2322  replication gene A  31.72 
 
 
851 aa  215  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0971146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3837  replication gene A  38.4 
 
 
684 aa  211  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546581  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0688  bacteriophage replication gene A  36.41 
 
 
893 aa  208  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.754917  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1020  phage replication protein  31.05 
 
 
837 aa  201  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1837  bacteriophage replication protein  33.14 
 
 
711 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2581  replication gene A  32.21 
 
 
659 aa  200  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609775  hitchhiker  0.000126543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2615  replication gene A  32.21 
 
 
659 aa  200  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00951013  hitchhiker  0.00000000000132404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2638  replication protein A  31.63 
 
 
836 aa  196  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250136  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05016  hypothetical protein  33.49 
 
 
628 aa  196  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2663  bacteriophage replication gene A protein  29.24 
 
 
940 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.978524  hitchhiker  0.000159961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4357  replication gene A protein  33.68 
 
 
707 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.417362  hitchhiker  0.000000000116527 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3164  replication protein A  32.82 
 
 
767 aa  185  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0892  replication gene A  34.44 
 
 
759 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.427848  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0874  replication gene A  33.15 
 
 
687 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0744565  normal  0.152153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4315  replication gene A protein  31.66 
 
 
761 aa  177  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.908807  hitchhiker  0.000153162 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1066  hypothetical protein  28.96 
 
 
849 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0988  replication gene A protein  31.75 
 
 
758 aa  176  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357702  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3058  bacteriophage replication gene A protein  31.75 
 
 
760 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00583111  decreased coverage  0.000000000126727 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2784  replication gene A  32.6 
 
 
790 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0528107  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2920  replication gene A  31.75 
 
 
759 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.663672  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3057  bacteriophage replication gene A  32.7 
 
 
798 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  normal  0.491579 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0918  putative replication gene A protein  32.7 
 
 
804 aa  174  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0157966  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1350  bacteriophage replication gene A  32.43 
 
 
803 aa  170  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0558946  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2086  replication gene A  30.89 
 
 
730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1277  bacteriophage replication gene A  30.29 
 
 
743 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.280634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1832  replication gene A protein  30.89 
 
 
731 aa  160  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0199047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2080  replication protein A  30.09 
 
 
602 aa  139  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0916  replication gene A protein  29.94 
 
 
550 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00835  hypothetical protein  34 
 
 
481 aa  104  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.40375  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00819  conserved hypothetical protein  34 
 
 
481 aa  104  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0739  putative phage replication protein  39.45 
 
 
158 aa  76.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0927  hypothetical protein  28.45 
 
 
133 aa  56.2  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255539  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0345  bacteriophage replication gene A protein  29.76 
 
 
349 aa  45.8  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00229626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>