43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3057 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00819  conserved hypothetical protein  87.33 
 
 
481 aa  651    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00835  hypothetical protein  87.33 
 
 
481 aa  651    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.40375  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2784  replication gene A  91.61 
 
 
790 aa  1481    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0528107  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0918  putative replication gene A protein  93.28 
 
 
804 aa  1538    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0157966  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1350  bacteriophage replication gene A  84.16 
 
 
803 aa  1348    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0558946  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3057  bacteriophage replication gene A  100 
 
 
798 aa  1667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  normal  0.491579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2663  bacteriophage replication gene A protein  42.28 
 
 
940 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.978524  hitchhiker  0.000159961 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2322  replication gene A  36.67 
 
 
851 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0971146  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2638  replication protein A  38.61 
 
 
836 aa  452  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2941  replication gene A protein  35.98 
 
 
673 aa  337  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  2.3159e-27 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3496  replication gene A protein  35.67 
 
 
673 aa  335  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  2.35531e-26 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3837  replication gene A  36.75 
 
 
684 aa  302  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546581  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3505  bacteriophage replication gene A  34.56 
 
 
740 aa  294  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14007  normal  0.112396 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3164  replication protein A  32.74 
 
 
767 aa  291  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4357  replication gene A protein  31.65 
 
 
707 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.417362  hitchhiker  0.000000000116527 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4315  replication gene A protein  30.48 
 
 
761 aa  263  8.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.908807  hitchhiker  0.000153162 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0988  replication gene A protein  31.01 
 
 
758 aa  263  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357702  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3058  bacteriophage replication gene A protein  31.28 
 
 
760 aa  259  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00583111  decreased coverage  0.000000000126727 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1020  phage replication protein  30.92 
 
 
837 aa  258  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0874  replication gene A  30.41 
 
 
687 aa  253  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0744565  normal  0.152153 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1066  hypothetical protein  34.09 
 
 
849 aa  241  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2086  replication gene A  28.2 
 
 
730 aa  236  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1832  replication gene A protein  30.53 
 
 
731 aa  234  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0199047  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0892  replication gene A  35.37 
 
 
759 aa  234  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.427848  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0975  bacteriophage replication gene A  37.96 
 
 
563 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0831  bacteriophage replication gene A  37.96 
 
 
563 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0712  bacteriophage replication gene A  31.44 
 
 
782 aa  217  7e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0364849 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003288  putative replication protein  32.8 
 
 
514 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.759025  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2920  replication gene A  32.87 
 
 
759 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.663672  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1277  bacteriophage replication gene A  32.05 
 
 
743 aa  205  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.280634  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2080  replication protein A  30.87 
 
 
602 aa  193  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2609  bacteriophage replication gene A  34.81 
 
 
640 aa  191  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.875079  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05016  hypothetical protein  29.93 
 
 
628 aa  188  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003461  hypothetical protein  32.88 
 
 
676 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1363  bacteriophage replication protein  29.8 
 
 
597 aa  180  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.291469  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0688  bacteriophage replication gene A  29.57 
 
 
893 aa  169  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.754917  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1837  bacteriophage replication protein  31.03 
 
 
711 aa  153  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0916  replication gene A protein  26.55 
 
 
550 aa  147  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2615  replication gene A  30.77 
 
 
659 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00951013  hitchhiker  0.00000000000132404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2581  replication gene A  30.77 
 
 
659 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609775  hitchhiker  0.000126543 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0739  putative phage replication protein  42.67 
 
 
158 aa  55.8  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1099  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 
403 aa  45.8  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0020  bacteriophage replication gene A protein  23.05 
 
 
403 aa  45.8  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>