More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0587 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0587  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
125 aa  232  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  82.4 
 
 
125 aa  164  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2263  50S ribosomal protein L7/L12  84 
 
 
124 aa  164  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3868  50S ribosomal protein L7/L12  82.4 
 
 
124 aa  164  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3247  50S ribosomal protein L7/L12  81.75 
 
 
126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3898  50S ribosomal protein L7/L12  80.95 
 
 
126 aa  160  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3593  50S ribosomal protein L7/L12  82.4 
 
 
123 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100169  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4532  50S ribosomal protein L7/L12  80.16 
 
 
126 aa  157  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4443  50S ribosomal protein L7/L12  88 
 
 
125 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3641  50S ribosomal protein L7/L12  85.6 
 
 
125 aa  151  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.180921 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3452  50S ribosomal protein L7/L12  80.8 
 
 
125 aa  140  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175537  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
124 aa  136  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0041  50S ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
125 aa  131  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0709556  hitchhiker  0.00000000000056539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
122 aa  130  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
122 aa  130  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3190  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
124 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
125 aa  125  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
125 aa  124  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  64.41 
 
 
123 aa  124  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 
124 aa  123  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 
124 aa  123  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
123 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0881  50S ribosomal protein L7/L12  65.83 
 
 
123 aa  122  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.619082  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  70.09 
 
 
128 aa  122  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  121  4e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  64.23 
 
 
125 aa  120  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  120  5e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  120  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0045  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
124 aa  120  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000441674  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  67.8 
 
 
124 aa  120  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
125 aa  120  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  62.99 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  66.12 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_862  ribosomal protein L7/L12  66.12 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000472874  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0990  50S ribosomal protein L7/L12  64.46 
 
 
124 aa  118  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00236758  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
124 aa  118  3e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  61.98 
 
 
122 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  117  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  117  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
124 aa  117  7e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
123 aa  115  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0094  50S ribosomal protein L7/L12  61.98 
 
 
119 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  60.34 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  59.5 
 
 
129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  48.8 
 
 
121 aa  115  1.9999999999999998e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  58.68 
 
 
122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3438  50S ribosomal protein L7/L12  71.2 
 
 
124 aa  115  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0316636  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1820  ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 
133 aa  115  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0095  50S ribosomal protein L7/L12  63.64 
 
 
119 aa  115  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000523808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  59.38 
 
 
128 aa  114  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0172  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
122 aa  115  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.107771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
121 aa  114  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0258  50S ribosomal protein L7/L12  70.4 
 
 
124 aa  115  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0109491  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0267  50S ribosomal protein L7/L12  70.4 
 
 
124 aa  115  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.597405 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0240  50S ribosomal protein L7/L12  72.8 
 
 
124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0216202 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  68.7 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  54.1 
 
 
123 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  67.54 
 
 
124 aa  114  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2968  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
124 aa  114  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3315  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
124 aa  114  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.801397  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  60.94 
 
 
128 aa  114  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  68.42 
 
 
124 aa  114  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  60.94 
 
 
128 aa  114  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0392  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  114  6e-25  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3077  50S ribosomal protein L7/L12  70.4 
 
 
124 aa  114  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 
128 aa  114  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3035  50S ribosomal subunit protein L7/L12  68.8 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5087  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
121 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167617  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1823  50S ribosomal protein L7/L12  71.05 
 
 
124 aa  113  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  63.16 
 
 
126 aa  113  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  63.64 
 
 
123 aa  113  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0446  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  67.54 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0479  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00592833  hitchhiker  0.00479203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4064  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112087  hitchhiker  0.00864262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0476  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4039  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00670642  hitchhiker  0.000881188 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4757  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0149649  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>