More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3035 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3035  50S ribosomal subunit protein L7/L12  100 
 
 
124 aa  228  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  79.03 
 
 
124 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2968  50S ribosomal protein L7/L12  81.45 
 
 
124 aa  151  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3315  50S ribosomal protein L7/L12  81.45 
 
 
124 aa  151  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.801397  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  74.19 
 
 
124 aa  143  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3190  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  143  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  68.8 
 
 
125 aa  143  9e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  140  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3868  50S ribosomal protein L7/L12  69.35 
 
 
124 aa  140  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4532  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
126 aa  140  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2263  50S ribosomal protein L7/L12  68.55 
 
 
124 aa  140  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3247  50S ribosomal protein L7/L12  69.05 
 
 
126 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
125 aa  139  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3898  50S ribosomal protein L7/L12  68.25 
 
 
126 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
122 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
122 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3593  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
123 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100169  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0045  50S ribosomal protein L7/L12  74.19 
 
 
124 aa  130  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000441674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
124 aa  130  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0041  50S ribosomal protein L7/L12  70.4 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0709556  hitchhiker  0.00000000000056539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
127 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 
124 aa  127  4.0000000000000003e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  60.48 
 
 
121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
127 aa  127  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  66.13 
 
 
121 aa  127  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  60.48 
 
 
127 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
127 aa  126  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
125 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  65.87 
 
 
128 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  74.19 
 
 
123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3653  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0108819  hitchhiker  0.000000546244 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0305  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.246091  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4474  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000613838  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4039  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00670642  hitchhiker  0.000881188 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0209  ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
121 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000161356  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4017  ribosomal protein L7/L12  60.48 
 
 
127 aa  124  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.712821  normal  0.474419 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  58.2 
 
 
125 aa  123  7e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 
121 aa  123  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  65.35 
 
 
127 aa  123  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2849  50S ribosomal protein L7/L12  77.6 
 
 
125 aa  123  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  65.55 
 
 
124 aa  122  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2723  50S ribosomal protein L7/L12  63.11 
 
 
121 aa  122  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2409  50S ribosomal protein L7/L12  63.11 
 
 
121 aa  122  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267042  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 
124 aa  123  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  122  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  61.79 
 
 
126 aa  122  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4484  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000110879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4481  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102709 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4558  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.347891  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4394  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000226611  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4362  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
121 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.993642  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 
126 aa  121  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3438  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0316636  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3732  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
122 aa  121  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0267  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.597405 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3077  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 
126 aa  121  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0258  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0109491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0196  50S ribosomal protein L7/L12  66.13 
 
 
121 aa  121  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000850088  normal  0.220465 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  63.28 
 
 
128 aa  120  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  63.28 
 
 
128 aa  120  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4443  50S ribosomal protein L7/L12  73.6 
 
 
125 aa  120  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3452  50S ribosomal protein L7/L12  70.4 
 
 
125 aa  120  8e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175537  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
125 aa  120  8e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
123 aa  119  9e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2995  50S ribosomal protein L7/L12  60.48 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0181  50S ribosomal protein L7/L12  59.5 
 
 
122 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.563708  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0318  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00372625  normal  0.202232 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2768  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.549753  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0339  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.784286  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0240  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0216202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0276  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
121 aa  118  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00026  normal  0.0846349 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
126 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1429  ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 
122 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  57.39 
 
 
123 aa  117  4.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  117  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  51.61 
 
 
121 aa  117  6e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>