164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0006 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0005  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.1889 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0005  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.998784  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0009  tRNA-Tyr  93.98 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0055  tRNA-Tyr  95.89 
 
 		 86 bp  121  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  95.59 
 
 		 82 bp  103  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 82 bp  101  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21340  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 86 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0704715  hitchhiker  0.000101375 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  92.42 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  98 
 
 		 82 bp  91.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0070  tRNA-Tyr  92.65 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0074  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727456  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  91.04 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  95.65 
 
 		 81 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0014  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0011  tRNA-Tyr  87.67 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 83 bp  73.8  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0049  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  84.38 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0046  tRNA-Tyr  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000858289  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>