223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0008 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  163  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  98.78 
 
 		 84 bp  155  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0074  tRNA-Tyr  94.05 
 
 		 84 bp  127  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727456  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 84 bp  123  7e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  91.46 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  92.54 
 
 		 81 bp  93.7  6e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  91.03 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  90.41 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  90.28 
 
 		 84 bp  87.7  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0070  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.1889 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0009  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.998784  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0055  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 81 bp  79.8  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  94.23 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  94.23 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21340  tRNA-Tyr  90 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0704715  hitchhiker  0.000101375 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0051  tRNA-Tyr  94.23 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  90.16 
 
 		 81 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  90.16 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0062  tRNA-Tyr  90.16 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  86.08 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0049  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0014  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0011  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>