179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0012 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0014  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0049  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  88.46 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 83 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  91.04 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  87.18 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  90.77 
 
 		 83 bp  73.8  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0005  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.1889 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0005  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.998784  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  97.44 
 
 		 81 bp  69.9  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0070  tRNA-Tyr  87.32 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0074  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727456  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03440  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.736361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0009  tRNA-Tyr  93.18 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0055  tRNA-Tyr  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 88 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0062  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21340  tRNA-Tyr  86.76 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0704715  hitchhiker  0.000101375 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0068  tRNA-Tyr  87.27 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0011  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  84.62 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>