258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_03440 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_03440  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.736361  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 81 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000678827  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  87.18 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0070  tRNA-Tyr  87.32 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  87.67 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>