164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07640 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  92.75 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  92.42 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03440  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.736361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  89.66 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  97.14 
 
 		 81 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 88 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0053  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122599  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0046  tRNA-Tyr  96.97 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0041    100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0042  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0055  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA36  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.881031  normal  0.0480599 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>