50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0056 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0027  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190933  normal  0.0646404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0041    98.84 
 
 		 86 bp  163  8.000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0039  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 86 bp  163  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA36  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 86 bp  163  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.881031  normal  0.0480599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0042  tRNA-Tyr  98.84 
 
 		 86 bp  163  8.000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0053  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122599  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 83 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  86.9 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0019  tRNA-Tyr  83.33 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164183  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0046  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1360  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  84.42 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03440  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.736361  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>