178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0053 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_R0053  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122599  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0027  tRNA-Tyr  94.19 
 
 
86 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190933  normal  0.0646404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0056  tRNA-Tyr  94.19 
 
 
86 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309553  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0041    93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0042  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0039  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA36  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.881031  normal  0.0480599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  86.9 
 
 
83 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  86.9 
 
 
83 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  86.9 
 
 
83 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  91.04 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
83 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0019  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
84 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164183  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  85.9 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07640  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.521827  normal  0.0415819 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
82 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
89 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  88.24 
 
 
82 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
82 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
82 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
82 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
82 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
87 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  89.29 
 
 
85 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1360  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  86.57 
 
 
85 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  86.57 
 
 
88 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  85.07 
 
 
86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  85.07 
 
 
86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  88.06 
 
 
85 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0046  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  88.06 
 
 
82 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>