More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4008 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_4008  recombination protein RecR  100 
 
 		 215 aa  428  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4992  recombination protein RecR  74.88 
 
 		 203 aa  315  4e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5271  recombination protein RecR  74.88 
 
 		 203 aa  315  4e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4903  recombination protein RecR  74.88 
 
 		 203 aa  315  4e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.149021  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13747  recombination protein RecR  74.88 
 
 		 203 aa  314  6e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.24685  normal  0.507184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5527  recombination protein RecR  75.37 
 
 		 203 aa  314  7e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1288  recombination protein RecR  74.88 
 
 		 203 aa  313  9.999999999999999e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.404677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36550  recombination protein RecR  72.77 
 
 		 198 aa  296  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.278851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0203  recombination protein RecR  71.29 
 
 		 197 aa  295  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0437  recombination protein RecR  72.91 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.348313  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  66.34 
 
 		 202 aa  271  4.0000000000000004e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  64.85 
 
 		 199 aa  262  4e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  65.84 
 
 		 199 aa  259  1e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  64.36 
 
 		 199 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  64.18 
 
 		 199 aa  259  3e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  64.68 
 
 		 199 aa  257  7e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  63.37 
 
 		 199 aa  257  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  63.37 
 
 		 199 aa  254  5e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  61.88 
 
 		 199 aa  254  7e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6566  recombination protein RecR  63 
 
 		 199 aa  254  8e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00960042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3124  recombination protein RecR  63.05 
 
 		 199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0192329  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0319  recombination protein RecR  64.18 
 
 		 199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.697787  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  64.5 
 
 		 199 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0268  recombination protein RecR  62.56 
 
 		 199 aa  249  2e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  61.39 
 
 		 199 aa  249  2e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  61.46 
 
 		 204 aa  248  7e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  60.89 
 
 		 199 aa  247  7e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6148  recombination protein RecR  58.33 
 
 		 199 aa  246  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9027  recombination protein RecR  61.39 
 
 		 199 aa  247  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  61.27 
 
 		 199 aa  247  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0215  recombination protein RecR  60.4 
 
 		 197 aa  245  4e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  59.41 
 
 		 197 aa  245  4e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0272  recombination protein RecR  62.5 
 
 		 202 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0254  recombination protein RecR  59.41 
 
 		 197 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.136191  hitchhiker  0.0016505 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0479  recombination protein RecR  59.9 
 
 		 199 aa  241  7.999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0004265  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  58.62 
 
 		 199 aa  234  8e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1288  recombination protein RecR  55.78 
 
 		 200 aa  224  6e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0127  recombination protein RecR  53.23 
 
 		 202 aa  223  2e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0605  recombination protein RecR  53.2 
 
 		 198 aa  217  1e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.813504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5291  recombination protein RecR  52.63 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20770  recombination protein RecR  49.75 
 
 		 198 aa  206  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21986e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0029  DNA replication and repair protein RecR  52.74 
 
 		 199 aa  206  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.157728  hitchhiker  0.00000915246 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02350  DNA replication and repair protein RecR  50.76 
 
 		 198 aa  205  5e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000224797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  49.25 
 
 		 198 aa  204  9e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  46.53 
 
 		 199 aa  203  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0244  recombination protein RecR  45.27 
 
 		 199 aa  202  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000716421  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0117  recombination protein RecR  51.27 
 
 		 203 aa  201  5e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000471102  normal  0.0497522 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  48.76 
 
 		 198 aa  199  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3924  recombination protein RecR  48.99 
 
 		 204 aa  199  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00096202  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0094  recombination protein RecR  49.25 
 
 		 199 aa  198  6e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.427132  hitchhiker  0.00000395528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2128  recombination protein RecR  52.74 
 
 		 198 aa  197  7.999999999999999e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.505322  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0108  recombination protein RecR  49.25 
 
 		 199 aa  197  7.999999999999999e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01600  DNA replication and repair protein RecR  47.26 
 
 		 198 aa  196  3e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000053602 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  46.27 
 
 		 199 aa  196  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1513  recombination protein RecR  52.79 
 
 		 222 aa  195  5.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0279848  normal  0.919824 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  46.27 
 
 		 198 aa  194  6e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  46.27 
 
 		 198 aa  194  6e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1180  recombination protein RecR  49.75 
 
 		 204 aa  194  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000222469  normal  0.0115718 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0021  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00242068  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3693  recombination protein RecR  51.01 
 
 		 198 aa  194  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  46.43 
 
 		 200 aa  194  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0583  recombination protein RecR  47.74 
 
 		 204 aa  194  1e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  194  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  46.27 
 
 		 198 aa  193  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0023  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0021  recombination protein RecR  47.76 
 
 		 198 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.134692  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3635  recombination protein RecR  51.52 
 
 		 198 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0682949  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0557  recombination protein RecR  46.23 
 
 		 204 aa  193  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_522  recombination protein  46.23 
 
 		 204 aa  192  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0417916  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0044  recombination protein RecR  47.47 
 
 		 200 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0424851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  46.77 
 
 		 198 aa  192  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3201  recombination protein RecR  50.99 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000136854  normal  0.489368 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3776  recombination protein RecR  50 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0326868  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  49.01 
 
 		 197 aa  188  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  43.78 
 
 		 199 aa  188  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  49.01 
 
 		 197 aa  188  5e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1144  recombination protein RecR  45.5 
 
 		 201 aa  188  5.999999999999999e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0987935  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0054  recombination protein RecR  43.72 
 
 		 198 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0057  recombination protein RecR  43.72 
 
 		 198 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0876  recombination protein RecR  50 
 
 		 205 aa  187  8e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.236208  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1973  recombination protein RecR  45.77 
 
 		 199 aa  187  8e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0386  recombination protein RecR  44.44 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.147094  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4182  recombination protein RecR  46.34 
 
 		 205 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.406178  normal  0.562882 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0593  recombination protein RecR  45.54 
 
 		 199 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1639  DNA replication and repair protein RecR  46.73 
 
 		 219 aa  185  5e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  47.85 
 
 		 215 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  46.46 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0766  recombination protein RecR  43.56 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.290455  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0663  recombination protein RecR  43.56 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0143934  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1399  recombination protein RecR  47.42 
 
 		 192 aa  182  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.612922  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0033  recombination protein RecR  47.26 
 
 		 198 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00162242  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0510  DNA replication and repair protein RecR  50.25 
 
 		 199 aa  181  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.186911  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3760  recombination protein RecR  49.49 
 
 		 198 aa  181  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0277  recombination protein RecR  43.84 
 
 		 213 aa  180  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>