164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1587 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1587  DNA adenine methylase Dam  100 
 
 		 293 aa  611  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.893709 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2203  DNA adenine methylase  30.13 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.446235  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00025  DNA adenine methylase  31.54 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00507  DNA adenine methylase  33.19 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002330  methyl-directed repair DNA adenine methylase  31.67 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.455912  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  27.69 
 
 		 288 aa  100  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  29.69 
 
 		 303 aa  99  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  28.08 
 
 		 280 aa  99  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2890  DNA adenine methylase  29.44 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0663  DNA adenine methylase  32.97 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1115  DNA adenine methylase Dam  29.89 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.664514  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0378  DNA adenine methylase  31.22 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3703  DNA adenine methylase  35.11 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2725  DNA adenine methylase  31.1 
 
 		 276 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  29.41 
 
 		 274 aa  96.3  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0289  DNA adenine methylase  32.43 
 
 		 279 aa  96.3  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0216  DNA adenine methylase  28.76 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0213822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0241  DNA adenine methylase  29.18 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.808773  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  28.62 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0264  DNA adenine methylase  29.79 
 
 		 279 aa  93.2  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0659762  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4081  DNA adenine methylase  29.57 
 
 		 279 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4000  DNA adenine methylase  29.57 
 
 		 279 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3891  DNA adenine methylase  31.89 
 
 		 279 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.728671 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4110  DNA adenine methylase  29.57 
 
 		 279 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.395819  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  27.34 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3695  DNA adenine methylase  32.26 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4199  DNA adenine methylase  31.4 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.246501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  27.34 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3365  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.91 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0343  DNA adenine methylase  27.9 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  27.09 
 
 		 275 aa  90.9  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0250  DNA adenine methylase  31.72 
 
 		 279 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0202  DNA adenine methylase  27.59 
 
 		 304 aa  89  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.790639  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4057  DNA adenine methylase  31.05 
 
 		 270 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000515222  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2236  DNA adenine methylase  26.76 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00406547  hitchhiker  0.0000680943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4262  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.18 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0349455 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  27.67 
 
 		 280 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0475  DNA adenine methylase  27.63 
 
 		 273 aa  86.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  26.49 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0344  DNA adenine methylase  27.78 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20420  DNA adenine methylase Dam  29.18 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.180762 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0828  DNA adenine methylase  27.76 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.90544  normal  0.644022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3839  DNA adenine methylase  26.79 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.236937  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2876  retron adenine methylase  31.55 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.672134  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1929  DNA adenine methylase  29.88 
 
 		 306 aa  85.5  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.168288  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0690  DNA adenine methylase  28.14 
 
 		 272 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1368  DNA adenine methylase  26.46 
 
 		 270 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544834  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0166  DNA adenine methylase  25.42 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4602  DNA adenine methylase  33.51 
 
 		 270 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0997785  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0708  DNA adenine methylase  28.57 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2282  retron adenine methylase  26.51 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.619879  hitchhiker  2.98029e-22 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1110  retron adenine methylase  26.21 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.242343  normal  0.588496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3880  DNA adenine methylase  30.53 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33854  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1499  DNA adenine methylase  25.49 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.142483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3058  retron adenine methylase  28.72 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.99248 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  29.95 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0917  retron adenine methylase  28.72 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000765231  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2786  DNA adenine methylase  28.72 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0697189  normal  0.0136814 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0263  DNA adenine methylase  29.57 
 
 		 275 aa  82  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.262484  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0233  DNA adenine methylase  27.41 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793505 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0341  DNA adenine methylase  30.11 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2942  retron adenine methylase  29.03 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0304018  hitchhiker  1.0655700000000001e-26 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1090  DNA adenine methylase  26.96 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3683  DNA adenine methylase  29.84 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00514879  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3756  DNA adenine methylase  29.84 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3790  DNA adenine methylase  29.84 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0828962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3852  DNA adenine methylase  29.84 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.178341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3681  DNA adenine methylase  29.84 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2320  DNA adenine methylase  29.89 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.3975  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03239  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0326  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03191  hypothetical protein  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277924  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4691  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.368907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3583  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0033886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3857  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00206502  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0888  DNA adenine methylase  25.9 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0326  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.168189  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3663  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.208265  normal  0.0250573 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3764  DNA adenine methylase  28.64 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0637881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  26.07 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0884  DNA adenine methylase  27.65 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000960446 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  28.82 
 
 		 638 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3800  DNA adenine methylase  27.96 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.669504  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3313  DNA adenine methylase  24.78 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1835  DNA adenine methylase  30.43 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2087  DNA adenine methylase  28.17 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.674044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3963  DNA adenine methylase  31.05 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0102575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3724  DNA adenine methylase  31.05 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00179541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0228  DNA adenine methylase  31.05 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0459983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  25.44 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1477  DNA adenine methylase  29.38 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1136  DNA adenine methylase  28.63 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  25.63 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2150  DNA adenine methylase  26.58 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.184116  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2636  DNA adenine methylase  26.44 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0410463  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2656  DNA adenine methylase  29.33 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.119155  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3321  DNA adenine methylase  24.74 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0151  DNA adenine methylase  26.61 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.851887  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0847  DNA adenine methylase  26.17 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0821  DNA adenine methylase  22.13 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>