181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0289 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0289  DNA adenine methylase  100 
 
 
279 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0250  DNA adenine methylase  97.13 
 
 
279 aa  564  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3891  DNA adenine methylase  97.49 
 
 
279 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.728671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3695  DNA adenine methylase  97.13 
 
 
279 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3703  DNA adenine methylase  88.89 
 
 
279 aa  525  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4000  DNA adenine methylase  88.53 
 
 
279 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4199  DNA adenine methylase  88.17 
 
 
279 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.246501  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4110  DNA adenine methylase  88.17 
 
 
279 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.395819  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4081  DNA adenine methylase  88.17 
 
 
279 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0343  DNA adenine methylase  77.78 
 
 
279 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4262  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  77.42 
 
 
279 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0349455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0241  DNA adenine methylase  76.34 
 
 
279 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.808773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3365  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  78.83 
 
 
280 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0216  DNA adenine methylase  75.99 
 
 
279 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0213822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0378  DNA adenine methylase  77.37 
 
 
278 aa  448  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0264  DNA adenine methylase  77.74 
 
 
279 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0659762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002330  methyl-directed repair DNA adenine methylase  64.68 
 
 
279 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.455912  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00025  DNA adenine methylase  64.68 
 
 
279 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2725  DNA adenine methylase  64.31 
 
 
276 aa  364  1e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2203  DNA adenine methylase  62.83 
 
 
277 aa  357  9e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.446235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03239  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0326  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03191  hypothetical protein  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277924  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4691  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.368907  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3764  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0637881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0326  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.168189  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3583  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0033886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3857  DNA adenine methylase  60.97 
 
 
278 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00206502  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3683  DNA adenine methylase  59.85 
 
 
278 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00514879  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3681  DNA adenine methylase  59.85 
 
 
278 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3756  DNA adenine methylase  59.85 
 
 
278 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3852  DNA adenine methylase  59.85 
 
 
278 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.178341  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4057  DNA adenine methylase  59.11 
 
 
270 aa  333  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000515222  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3663  DNA adenine methylase  60.59 
 
 
278 aa  333  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.208265  normal  0.0250573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3790  DNA adenine methylase  59.85 
 
 
278 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0828962  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3880  DNA adenine methylase  59.48 
 
 
270 aa  333  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33854  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3800  DNA adenine methylase  58.89 
 
 
288 aa  332  5e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.669504  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0663  DNA adenine methylase  58.21 
 
 
277 aa  329  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0166  DNA adenine methylase  57.93 
 
 
275 aa  326  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0263  DNA adenine methylase  57.04 
 
 
275 aa  326  3e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.262484  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00507  DNA adenine methylase  55.19 
 
 
293 aa  322  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4602  DNA adenine methylase  56.13 
 
 
270 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0997785  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0341  DNA adenine methylase  57.78 
 
 
271 aa  314  9e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3963  DNA adenine methylase  54.24 
 
 
271 aa  308  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0102575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3724  DNA adenine methylase  54.24 
 
 
271 aa  308  6.999999999999999e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00179541  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0228  DNA adenine methylase  54.24 
 
 
271 aa  308  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0459983  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1115  DNA adenine methylase Dam  54.24 
 
 
277 aa  298  7e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.664514  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0475  DNA adenine methylase  53.36 
 
 
273 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2656  DNA adenine methylase  50.57 
 
 
283 aa  276  3e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.119155  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0344  DNA adenine methylase  48.12 
 
 
277 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1136  DNA adenine methylase  47.74 
 
 
272 aa  259  4e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0539  DNA adenine methylase  46.62 
 
 
272 aa  255  6e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0708  DNA adenine methylase  47.01 
 
 
272 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0690  DNA adenine methylase  46.64 
 
 
272 aa  250  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0917  retron adenine methylase  48.29 
 
 
285 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000765231  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3058  retron adenine methylase  47.73 
 
 
285 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.99248 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2786  DNA adenine methylase  47.71 
 
 
284 aa  246  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0697189  normal  0.0136814 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3839  DNA adenine methylase  47.51 
 
 
318 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.236937  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0888  DNA adenine methylase  48.71 
 
 
290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1090  DNA adenine methylase  46.62 
 
 
264 aa  239  4e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2636  DNA adenine methylase  48.36 
 
 
280 aa  238  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0410463  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2876  retron adenine methylase  46.77 
 
 
285 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.672134  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2942  retron adenine methylase  47.33 
 
 
277 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0304018  hitchhiker  1.0655700000000001e-26 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2320  DNA adenine methylase  46.56 
 
 
272 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.3975  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1110  retron adenine methylase  44.78 
 
 
289 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.242343  normal  0.588496 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5483  DNA adenine methylase  45.45 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2282  retron adenine methylase  44.03 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.619879  hitchhiker  2.98029e-22 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  41.13 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  36.62 
 
 
280 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  37.78 
 
 
270 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  33.58 
 
 
279 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1513  DNA adenine methylase  35.57 
 
 
313 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971855  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  34.21 
 
 
275 aa  152  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0828  DNA adenine methylase  35.25 
 
 
277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.90544  normal  0.644022 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1588  DNA adenine methylase  37.68 
 
 
278 aa  152  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0458  DNA adenine methylase  34.77 
 
 
317 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0922232  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2150  DNA adenine methylase  34.72 
 
 
307 aa  152  8e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.184116  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0233  DNA adenine methylase  37.55 
 
 
293 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.793505 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  34.21 
 
 
279 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  33.33 
 
 
288 aa  148  9e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3321  DNA adenine methylase  34.8 
 
 
289 aa  144  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1003  DNA adenine methylase  32.55 
 
 
309 aa  144  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0410349  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0884  DNA adenine methylase  36.59 
 
 
294 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000960446 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1790  DNA adenine methylase  38.81 
 
 
263 aa  141  9e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.557139  normal  0.0298379 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  33.09 
 
 
280 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0308  DNA adenine methylase  33.22 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0432416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  33.22 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2087  DNA adenine methylase  36.36 
 
 
292 aa  139  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.674044  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  32.85 
 
 
279 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  32.85 
 
 
279 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0847  DNA adenine methylase  32.89 
 
 
306 aa  136  4e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0517  DNA adenine methylase  33.44 
 
 
332 aa  135  5e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13128  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0703  DNA adenine methylase  33 
 
 
325 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0202559  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  32.58 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  31.62 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1945  DNA adenine methylase  34.12 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1756  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.45 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.663014  normal  0.0339487 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0151  DNA adenine methylase  32.23 
 
 
306 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.851887  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  32.58 
 
 
638 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  32.58 
 
 
286 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>