37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3001 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3001  hypothetical protein  100 
 
 		 521 aa  1077    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.489823 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3136  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like  25.55 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0626  Capsular polysaccharide biosynthesis protein- like protein  28.48 
 
 		 366 aa  63.2  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5945  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  27.73 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3122  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  23.11 
 
 		 595 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.043835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4330  Capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  24.87 
 
 		 487 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1287  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  25.22 
 
 		 493 aa  59.7  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3255  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  30.83 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.175633  normal  0.26995 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2424  Capsular polysaccharide biosynthesis protein- like protein  25.64 
 
 		 360 aa  55.5  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.47686  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6825  hypothetical protein  25 
 
 		 400 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.626132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6689  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  30 
 
 		 391 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4313  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  26.79 
 
 		 414 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.133022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3663  Capsular polysaccharide biosynthesis protein-like  21.9 
 
 		 398 aa  55.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.87959 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3662  Capsular polysaccharide biosynthesis protein-like  23.22 
 
 		 381 aa  55.5  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4682  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  29.03 
 
 		 414 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1492  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  23.2 
 
 		 378 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1493  Capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  27.61 
 
 		 630 aa  53.9  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.21852  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4830  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  26.8 
 
 		 426 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.69281  normal  0.375609 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1189  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  35.63 
 
 		 630 aa  53.5  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.099685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1770  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  22.68 
 
 		 378 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0449  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein  21.47 
 
 		 372 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0854  capsular polysaccharide biosynthesis protein  23.92 
 
 		 366 aa  51.6  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0933972  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1193  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  23.43 
 
 		 505 aa  50.8  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4250  Capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  26.72 
 
 		 398 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.305989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4387  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  21.53 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.329255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5460  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  29.41 
 
 		 365 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2708  tetratricopeptide TPR_2  31.25 
 
 		 979 aa  47.4  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.169437 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1814  hypothetical protein  22.83 
 
 		 362 aa  47.4  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.506376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6880  hypothetical protein  26.95 
 
 		 383 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.861416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0161  hypothetical protein  22.39 
 
 		 349 aa  47  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0253  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  26.92 
 
 		 368 aa  47  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0270966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4960  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  24.14 
 
 		 399 aa  46.6  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0427  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein  20.42 
 
 		 372 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182451  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2949  Capsular polysaccharide biosynthesis protein- like protein  22.22 
 
 		 384 aa  45.8  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  34.38 
 
 		 3172 aa  45.1  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  34.38 
 
 		 3301 aa  45.4  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2370  capsular polysaccharide biosynthesis protein-like protein  23.39 
 
 		 373 aa  43.9  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0553875  normal  0.0113185 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>