More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5291 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5291  TrpR binding protein WrbA  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.759442 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4564  TrpR binding protein WrbA  81.86 
 
 		 208 aa  358  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2843  TrpR binding protein WrbA  69.5 
 
 		 199 aa  291  6e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4280  TrpR binding protein WrbA  69 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4797  TrpR binding protein WrbA  69.5 
 
 		 199 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153134  normal  0.829265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4647  TrpR binding protein WrbA  69 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2368  TrpR binding protein WrbA  69 
 
 		 199 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3831  TrpR binding protein WrbA  67.5 
 
 		 200 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.872601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0057  flavoprotein WrbA  65.82 
 
 		 200 aa  275  5e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1384  TrpR binding protein WrbA  65.35 
 
 		 200 aa  274  9e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.106085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4352  TrpR binding protein WrbA  65.31 
 
 		 199 aa  270  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1683  flavoprotein WrbA  63.77 
 
 		 207 aa  270  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.308348  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2181  TrpR binding protein WrbA  64 
 
 		 199 aa  269  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1594  TrpR binding protein WrbA  65.5 
 
 		 198 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2414  flavoprotein WrbA  67.18 
 
 		 200 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7634  TrpR binding protein WrbA  65.17 
 
 		 200 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6613  TrpR binding protein WrbA  64.68 
 
 		 200 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280289 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5766  TrpR binding protein WrbA  65.17 
 
 		 200 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6057  TrpR binding protein WrbA  65.17 
 
 		 200 aa  268  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6131  TrpR binding protein WrbA  64.68 
 
 		 200 aa  268  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.629081 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1650  TrpR binding protein WrbA  64.32 
 
 		 199 aa  267  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4506  TrpR binding protein WrbA  65.31 
 
 		 199 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.860905  normal  0.219797 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1505  flavoprotein WrbA  64.71 
 
 		 206 aa  265  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0774654  normal  0.0461136 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6077  TrpR binding protein WrbA  63.68 
 
 		 200 aa  265  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.201338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2810  TrpR binding protein WrbA  62.31 
 
 		 199 aa  263  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.111031 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5841  TrpR binding protein WrbA  63.68 
 
 		 200 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.823521 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0978  TrpR binding protein WrbA  62.81 
 
 		 199 aa  260  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.642178  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1010  flavoprotein WrbA  63.45 
 
 		 201 aa  260  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000029905  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1455  flavoprotein WrbA  61.69 
 
 		 200 aa  259  2e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157391  normal  0.291105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6351  TrpR binding protein WrbA  64.68 
 
 		 200 aa  258  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0979  TrpR binding protein WrbA  63.27 
 
 		 199 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3216  flavoprotein WrbA  62.81 
 
 		 199 aa  258  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103808 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0784  TrpR binding protein WrbA  63.78 
 
 		 199 aa  257  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.603035 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1277  flavoprotein WrbA  63.68 
 
 		 199 aa  256  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.079206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1049  TrpR binding protein WrbA  62.81 
 
 		 199 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1014  TrpR binding protein WrbA  62.81 
 
 		 199 aa  255  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2136  TrpR binding protein WrbA  61.31 
 
 		 199 aa  254  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4332  flavoprotein WrbA  62.31 
 
 		 199 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.294077 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2508  TrpR binding protein WrbA  61.08 
 
 		 203 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272355  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4096  TrpR binding protein WrbA  61.73 
 
 		 199 aa  251  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.832118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5226  TrpR binding protein WrbA  63.02 
 
 		 203 aa  248  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3669  TrpR binding protein WrbA  60.3 
 
 		 199 aa  248  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196893 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2002  TrpR binding protein WrbA  64 
 
 		 199 aa  244  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1148  flavoprotein WrbA  60 
 
 		 201 aa  243  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1023  flavoprotein WrbA  64.29 
 
 		 199 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8249  flavoprotein WrbA  60.3 
 
 		 199 aa  241  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.907663  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0771  TrpR binding protein WrbA  59.41 
 
 		 203 aa  239  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0396  flavoprotein WrbA  58.96 
 
 		 212 aa  237  8e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0804  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 		 203 aa  237  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1932  TrpR binding protein WrbA  63.27 
 
 		 199 aa  235  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.66734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3387  TrpR binding protein WrbA  60.8 
 
 		 204 aa  235  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0637331 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0620  TrpR binding protein WrbA  57.14 
 
 		 200 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0460  TrpR binding protein WrbA  57.14 
 
 		 200 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4139  flavoprotein WrbA  60 
 
 		 198 aa  228  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000384114  unclonable  0.00000000000397831 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3178  flavoprotein WrbA  58.59 
 
 		 204 aa  225  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4089  flavoprotein WrbA  57.21 
 
 		 199 aa  225  4e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0105  TrpR binding protein WrbA  56.86 
 
 		 204 aa  221  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3134  TrpR binding protein WrbA  59.39 
 
 		 199 aa  218  6e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0608  TrpR binding protein WrbA  58.67 
 
 		 198 aa  216  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1914  TrpR binding protein WrbA  53.37 
 
 		 208 aa  214  9e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.936643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1813  TrpR binding protein WrbA  56.22 
 
 		 199 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000250234  hitchhiker  0.0000354309 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2043  TrpR binding protein WrbA  56.22 
 
 		 199 aa  212  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0806093  normal  0.0679166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2261  TrpR binding protein WrbA  56.22 
 
 		 199 aa  212  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.999788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2363  TrpR binding protein WrbA  56.22 
 
 		 199 aa  212  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1194  TrpR binding protein WrbA  56 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1214  TrpR binding protein WrbA  56 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.332262 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1078  TrpR binding protein WrbA  56 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1183  TrpR binding protein WrbA  56 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1229  TrpR binding protein WrbA  56 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.570385 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2222  flavoprotein WrbA  60 
 
 		 203 aa  210  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01007  TrpR binding protein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2638  flavoprotein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.836437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1117  TrpR binding protein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1122  TrpR binding protein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98388  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01014  hypothetical protein  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2120  TrpR binding protein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2591  TrpR binding protein WrbA  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.172537 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1341  TrpR binding protein WrbA  56.28 
 
 		 199 aa  205  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0373  flavodoxin/nitric oxide synthase  55.78 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1242  TrpR binding protein WrbA  54.23 
 
 		 198 aa  202  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00380  TrpR binding protein WrbA  59 
 
 		 198 aa  201  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1516  TrpR binding protein WrbA  55.22 
 
 		 198 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.348571 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0958  flavoprotein WrbA  51.94 
 
 		 204 aa  198  3.9999999999999996e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1256  flavoprotein WrbA  50 
 
 		 204 aa  195  4.0000000000000005e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2234  flavoprotein WrbA  48.02 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.710258  normal  0.0597949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0768  flavoprotein WrbA  45.05 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1050  flavodoxin/nitric oxide synthase  44.71 
 
 		 202 aa  159  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0284539  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04350  cytoplasm protein, putative  40.59 
 
 		 340 aa  149  4e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.4788  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04556  tryptophan repressor binding protein  44.33 
 
 		 218 aa  148  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.816043  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2779  flavoprotein WrbA  45.02 
 
 		 199 aa  147  9e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5986  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):flavodoxin/nitric oxide synthase  44.39 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04240  cytoplasm protein, putative  38.92 
 
 		 211 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.538448  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5419  flavoprotein WrbA  42.93 
 
 		 209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0187  flavodoxin/nitric oxide synthase  42.38 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.938759  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2247  flavoprotein WrbA  44.06 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3223  WrbA family protein  41.58 
 
 		 150 aa  142  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2827  flavoprotein WrbA  41.58 
 
 		 150 aa  142  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.254037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0428  NADPH-dependent FMN reductase  45 
 
 		 197 aa  141  6e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5355  flavoprotein WrbA  39.11 
 
 		 199 aa  141  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.272087  normal  0.149509 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85539  predicted protein  42.27 
 
 		 200 aa  141  7e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.08977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>