289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0396 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0396  flavoprotein WrbA  100 
 
 
212 aa  430  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1455  flavoprotein WrbA  68.69 
 
 
200 aa  298  3e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157391  normal  0.291105 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1010  flavoprotein WrbA  68.37 
 
 
201 aa  291  4e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000029905  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2414  flavoprotein WrbA  69.04 
 
 
200 aa  290  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7634  TrpR binding protein WrbA  66.33 
 
 
200 aa  284  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5841  TrpR binding protein WrbA  66.33 
 
 
200 aa  283  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.823521 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6613  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280289 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6057  TrpR binding protein WrbA  65.31 
 
 
200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186902  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5766  TrpR binding protein WrbA  66.33 
 
 
200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6077  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.201338  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6131  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
200 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.629081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6351  TrpR binding protein WrbA  65.31 
 
 
200 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4280  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
199 aa  268  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4647  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
199 aa  268  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1277  flavoprotein WrbA  63.27 
 
 
199 aa  267  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.079206  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4797  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
199 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153134  normal  0.829265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2843  TrpR binding protein WrbA  67.35 
 
 
199 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2368  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
199 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1148  flavoprotein WrbA  64 
 
 
201 aa  265  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0373  flavodoxin/nitric oxide synthase  62.5 
 
 
202 aa  261  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267004  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3831  TrpR binding protein WrbA  65.82 
 
 
200 aa  261  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.872601 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1384  TrpR binding protein WrbA  63.82 
 
 
200 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.106085  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1683  flavoprotein WrbA  60.29 
 
 
207 aa  258  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.308348  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4089  flavoprotein WrbA  62.24 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1505  flavoprotein WrbA  57.92 
 
 
206 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0774654  normal  0.0461136 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4139  flavoprotein WrbA  64.47 
 
 
198 aa  252  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000384114  unclonable  0.00000000000397831 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5291  TrpR binding protein WrbA  59.91 
 
 
212 aa  251  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.759442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1650  TrpR binding protein WrbA  63.45 
 
 
199 aa  250  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207552  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2002  TrpR binding protein WrbA  64.8 
 
 
199 aa  250  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1594  TrpR binding protein WrbA  62.76 
 
 
198 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0620  TrpR binding protein WrbA  58.88 
 
 
200 aa  249  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0460  TrpR binding protein WrbA  58.88 
 
 
200 aa  249  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4564  TrpR binding protein WrbA  62.56 
 
 
208 aa  248  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0979  TrpR binding protein WrbA  60.2 
 
 
199 aa  244  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2181  TrpR binding protein WrbA  60.1 
 
 
199 aa  242  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0784  TrpR binding protein WrbA  62.24 
 
 
199 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.603035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4352  TrpR binding protein WrbA  61.73 
 
 
199 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0057  flavoprotein WrbA  60.91 
 
 
200 aa  241  7e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0608  TrpR binding protein WrbA  62.94 
 
 
198 aa  240  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0771  TrpR binding protein WrbA  57.71 
 
 
203 aa  239  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1813  TrpR binding protein WrbA  61.42 
 
 
199 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000250234  hitchhiker  0.0000354309 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3134  TrpR binding protein WrbA  63.27 
 
 
199 aa  239  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0804  TrpR binding protein WrbA  58.21 
 
 
203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0105  TrpR binding protein WrbA  59.7 
 
 
204 aa  238  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3216  flavoprotein WrbA  60.91 
 
 
199 aa  238  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103808 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01007  TrpR binding protein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2638  flavoprotein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.836437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1117  TrpR binding protein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1122  TrpR binding protein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98388  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2591  TrpR binding protein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.172537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2120  TrpR binding protein WrbA  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01014  hypothetical protein  60.91 
 
 
198 aa  236  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4506  TrpR binding protein WrbA  59.69 
 
 
199 aa  235  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.860905  normal  0.219797 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1183  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  235  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165059  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1214  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  235  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.332262 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1194  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  235  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1229  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  235  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.570385 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1078  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  235  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0958  flavoprotein WrbA  57.5 
 
 
204 aa  234  8e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1242  TrpR binding protein WrbA  60.41 
 
 
198 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2261  TrpR binding protein WrbA  58.88 
 
 
199 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.999788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2043  TrpR binding protein WrbA  58.88 
 
 
199 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0806093  normal  0.0679166 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2363  TrpR binding protein WrbA  58.88 
 
 
199 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2222  flavoprotein WrbA  62 
 
 
203 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2508  TrpR binding protein WrbA  56.5 
 
 
203 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272355  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1256  flavoprotein WrbA  57.5 
 
 
204 aa  231  5e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4332  flavoprotein WrbA  58.16 
 
 
199 aa  231  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.294077 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1023  flavoprotein WrbA  62.24 
 
 
199 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0978  TrpR binding protein WrbA  59.18 
 
 
199 aa  230  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.642178  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1516  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
198 aa  228  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.348571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2810  TrpR binding protein WrbA  58.16 
 
 
199 aa  228  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.111031 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8249  flavoprotein WrbA  62.24 
 
 
199 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.907663  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3178  flavoprotein WrbA  56.72 
 
 
204 aa  227  8e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3669  TrpR binding protein WrbA  56.63 
 
 
199 aa  227  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.196893 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3387  TrpR binding protein WrbA  55.5 
 
 
204 aa  226  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0637331 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1932  TrpR binding protein WrbA  59.9 
 
 
199 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.66734  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4096  TrpR binding protein WrbA  55.84 
 
 
199 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.832118  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1014  TrpR binding protein WrbA  58.16 
 
 
199 aa  222  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00380  TrpR binding protein WrbA  59.39 
 
 
198 aa  222  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1049  TrpR binding protein WrbA  57.65 
 
 
199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2234  flavoprotein WrbA  55 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.710258  normal  0.0597949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2136  TrpR binding protein WrbA  57.79 
 
 
199 aa  217  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5226  TrpR binding protein WrbA  55.79 
 
 
203 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1914  TrpR binding protein WrbA  50 
 
 
208 aa  202  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.936643 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1341  TrpR binding protein WrbA  51.02 
 
 
199 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357847  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04556  tryptophan repressor binding protein  46.15 
 
 
218 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.816043  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04350  cytoplasm protein, putative  44.17 
 
 
340 aa  166  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.4788  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85539  predicted protein  43.43 
 
 
200 aa  166  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.08977 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_44845  predicted protein  42.13 
 
 
202 aa  166  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.357205  normal  0.0582237 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31495  predicted protein  44.27 
 
 
201 aa  162  3e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0157173  normal  0.0627326 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04240  cytoplasm protein, putative  43.78 
 
 
211 aa  161  6e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.538448  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0715  flavoprotein WrbA  43.59 
 
 
197 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.358899 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03195  hypothetical protein  41.41 
 
 
190 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1766  NAD(P)H:quinone oxidoreductase, type IV  41.84 
 
 
197 aa  159  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0408  trp repressor binding protein  41.84 
 
 
197 aa  159  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0980  flavodoxin/nitric oxide synthase  42.5 
 
 
202 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0439  tryptophan repressor binding protein  42.29 
 
 
199 aa  156  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2990  flavodoxin/nitric oxide synthase  42.79 
 
 
198 aa  156  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  hitchhiker  0.0079617 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0384  flavoprotein WrbA  42.29 
 
 
199 aa  155  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0867  flavoprotein WrbA  40.69 
 
 
202 aa  155  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0748564  normal  0.44974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>