26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3744 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3744  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 155 aa  305  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.374657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0755  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  52.67 
 
 		 155 aa  161  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0647  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  31.25 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.784671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1318  C4-dicarboxylate transport system, small subunit  33.33 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000464953  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.08 
 
 		 174 aa  47.8  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  29.07 
 
 		 640 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.84 
 
 		 156 aa  45.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.41 
 
 		 173 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0330  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  28.12 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000018584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.1 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.77 
 
 		 164 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0344722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1743  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.52 
 
 		 164 aa  41.6  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.84 
 
 		 193 aa  41.6  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.62 
 
 		 156 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.27 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  29.81 
 
 		 608 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.721519 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3955  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.42 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.948597  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.74 
 
 		 164 aa  41.6  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4915  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  23.2 
 
 		 175 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0353  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.33 
 
 		 197 aa  40.8  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0563377  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.23 
 
 		 196 aa  41.2  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  22.37 
 
 		 373 aa  40.8  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  23.19 
 
 		 180 aa  40.4  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.16 
 
 		 164 aa  40.8  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.11 
 
 		 186 aa  40.4  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  23.08 
 
 		 185 aa  40.4  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>