More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1158 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4245  arginyl-tRNA synthetase  61.77 
 
 		 586 aa  731    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3587  arginyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 		 594 aa  683    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.170278  normal  0.919979 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2710  arginyl-tRNA synthetase  61.36 
 
 		 590 aa  712    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.568206 
 
 
-
 
NC_004310  BR0877  arginyl-tRNA synthetase  71.28 
 
 		 585 aa  871    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0495  arginyl-tRNA synthetase  61.36 
 
 		 598 aa  697    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.500043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1728  arginyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 		 581 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.231273  normal  0.529501 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2480  arginyl-tRNA synthetase  62.01 
 
 		 586 aa  702    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.299544  normal  0.119664 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1807  arginyl-tRNA synthetase  61.97 
 
 		 597 aa  714    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.738277 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3935  arginyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 576 aa  648    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2943  arginyl-tRNA synthetase  55.46 
 
 		 583 aa  641    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201497  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1158  arginyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 585 aa  1194    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.381889  normal  0.900625 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2675  arginyl-tRNA synthetase  80.51 
 
 		 585 aa  994    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.135814  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2750  arginyl-tRNA synthetase  59.42 
 
 		 597 aa  713    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.292272  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2508  arginyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 		 597 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0431095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3396  arginyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 585 aa  693    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.111317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0749  arginyl-tRNA synthetase  63.59 
 
 		 585 aa  798    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0173421  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1680  arginyl-tRNA synthetase  82.39 
 
 		 585 aa  1007    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2795  arginyl-tRNA synthetase  59.59 
 
 		 597 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0417013  normal  0.0873054 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1758  arginyl-tRNA synthetase  61.46 
 
 		 597 aa  717    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1482  arginyl-tRNA synthetase  82.22 
 
 		 585 aa  1004    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.747678  normal  0.431119 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3705  arginyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 585 aa  692    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.893232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2767  arginyl-tRNA synthetase  60.31 
 
 		 583 aa  701    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0538697 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1813  arginyl-tRNA synthetase  67.69 
 
 		 585 aa  823    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1588  arginyl-tRNA synthetase  55.63 
 
 		 580 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.175533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3022  arginyl-tRNA synthetase  58.7 
 
 		 583 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.184997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3194  arginyl-tRNA synthetase  59.76 
 
 		 592 aa  708    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2178  arginyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 		 590 aa  724    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2351  arginyl-tRNA synthetase  71.11 
 
 		 585 aa  872    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0868  arginyl-tRNA synthetase  70.77 
 
 		 585 aa  863    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4423  arginyl-tRNA synthetase  59.83 
 
 		 598 aa  708    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.69944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0902  arginyl-tRNA synthetase  55.73 
 
 		 580 aa  634  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.09451  normal  0.0464581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1507  arginyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 		 575 aa  621  1e-176  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164187  normal  0.602608 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1870  arginyl-tRNA synthetase  55.21 
 
 		 581 aa  620  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116057  normal  0.945616 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0903  arginyl-tRNA synthetase  53.32 
 
 		 580 aa  615  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1138  arginyl-tRNA synthetase  53.42 
 
 		 575 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1779  arginyl-tRNA synthetase  52.94 
 
 		 592 aa  599  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0946273  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0949  arginyl-tRNA synthetase  52.55 
 
 		 596 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.53802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0443  arginyl-tRNA synthetase  52.2 
 
 		 597 aa  572  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1089  arginyl-tRNA synthetase  51.95 
 
 		 582 aa  568  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0112  arginyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 580 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.890804 
 
 
-
 
NC_002978  WD0402  arginyl-tRNA synthetase  50.18 
 
 		 568 aa  543  1e-153  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0537  arginyl-tRNA synthetase  43.65 
 
 		 576 aa  499  1e-140  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0498  arginyl-tRNA synthetase  43.32 
 
 		 576 aa  496  1e-139  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2343  arginyl-tRNA synthetase  47.8 
 
 		 598 aa  488  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2431  arginyl-tRNA synthetase  47.45 
 
 		 598 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.146297  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1524  arginyl-tRNA synthetase  47.28 
 
 		 598 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0658423  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2288  arginyl-tRNA synthetase  45.06 
 
 		 605 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.770548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0704  arginyl-tRNA synthetase  45.15 
 
 		 575 aa  461  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281403 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2283  arginyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 		 554 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.263992  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1940  arginyl-tRNA synthetase  44.5 
 
 		 554 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2295  arginyl-tRNA synthetase  43.42 
 
 		 551 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3348  arginyl-tRNA synthetase  41.13 
 
 		 556 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000185624  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0247  arginyl-tRNA synthetase  41.78 
 
 		 587 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0358001  normal  0.157381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3457  arginyl-tRNA synthetase  43.19 
 
 		 557 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0561  arginyl-tRNA synthetase  41.09 
 
 		 559 aa  417  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.433886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0742  arginyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 		 554 aa  415  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000856279  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0648  arginyl-tRNA synthetase  42.55 
 
 		 559 aa  415  1e-114  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0541152  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3215  arginyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 		 556 aa  412  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3089  arginyl-tRNA synthetase  40.75 
 
 		 586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.191401  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5493  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5542  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.051551  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5045  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5158  arginyl-tRNA synthetase  39.59 
 
 		 556 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3878  arginyl-tRNA synthetase  39.93 
 
 		 556 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.542874  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1607  arginyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 551 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.113173  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1316  arginyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 		 551 aa  402  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.73633  normal  0.0144234 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5213  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5061  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  405  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5611  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5455  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  405  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0850  arginyl-tRNA synthetase  42.88 
 
 		 551 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0122015 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0263  arginyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 		 586 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2416  arginyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 		 584 aa  403  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.615558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5485  arginyl-tRNA synthetase  39.42 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5465  arginyl-tRNA synthetase  39.49 
 
 		 556 aa  402  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0077  arginyl-tRNA synthetase  39.39 
 
 		 586 aa  402  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2109  arginyl-tRNA synthetase  39.39 
 
 		 592 aa  401  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.513959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0052  arginyl-tRNA synthetase  40.46 
 
 		 570 aa  398  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000995895  decreased coverage  0.000521306 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2013  arginyl-tRNA synthetase  39.12 
 
 		 589 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0198  arginyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 		 592 aa  398  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1814  arginyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 		 551 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.679896  normal  0.951448 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4155  arginyl-tRNA synthetase  42.73 
 
 		 553 aa  392  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.60572  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2008  arginyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 		 589 aa  395  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0049  arginyl-tRNA synthetase  40.11 
 
 		 570 aa  395  1e-108  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4846  arginyl-tRNA synthetase  38.27 
 
 		 561 aa  392  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000272186  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0050  arginyl-tRNA synthetase  41.8 
 
 		 564 aa  387  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.302748  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2456  arginyl-tRNA synthetase  39 
 
 		 598 aa  386  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1486  arginyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 550 aa  387  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3183  arginyl-tRNA synthetase  40.11 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000169325  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2181  arginyl-tRNA synthetase  40.43 
 
 		 563 aa  385  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.264732  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1812  arginyl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 568 aa  381  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246046  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0262  arginyl-tRNA synthetase  38.3 
 
 		 553 aa  382  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1081  arginyl-tRNA synthetase  38.52 
 
 		 556 aa  379  1e-104  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2421  arginyl-tRNA synthetase  37.86 
 
 		 559 aa  380  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0639128  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1742  arginyl-tRNA synthetase  40.97 
 
 		 522 aa  379  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.599853  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2114  arginyl-tRNA synthetase  38.42 
 
 		 588 aa  377  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0630  arginyl-tRNA synthetase  38.56 
 
 		 553 aa  375  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3866  arginyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 		 587 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.42649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0743  arginyl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 550 aa  373  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08000  arginyl-tRNA synthetase  42.07 
 
 		 556 aa  373  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00405045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>