32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2980 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2980  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 293 aa  564  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0282228  normal  0.0420936 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01712  regulatory protein  50.68 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.586508  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1370  anti sigma-E protein, RseA  38.25 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.145734  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1439  hypothetical protein  38.03 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.481629  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  40.79 
 
 		 189 aa  53.5  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.26 
 
 		 212 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  30.63 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  33.33 
 
 		 208 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0039  anti sigma-E protein, RseA  36.61 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.84 
 
 		 216 aa  49.7  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.17 
 
 		 215 aa  49.3  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  34.72 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  39.44 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  37.63 
 
 		 185 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.17 
 
 		 215 aa  47  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.46 
 
 		 217 aa  46.2  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  27.87 
 
 		 212 aa  44.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  37.33 
 
 		 196 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1340  anti sigma-E protein, RseA  35.19 
 
 		 243 aa  43.5  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0581505  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>