12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1229 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1229  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 1016 aa  2043    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.748097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3566  coenzyme A biosynthesis protein  29.79 
 
 		 957 aa  383  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1813  TPR repeat-containing protein  29.48 
 
 		 952 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2960  cellulose binding, type IV  26.55 
 
 		 952 aa  307  6e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0439  Tetratricopeptide domain protein  27.13 
 
 		 1090 aa  273  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0542  hypothetical protein  27.48 
 
 		 922 aa  271  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348097  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1225  hypothetical protein  26.77 
 
 		 941 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3076  TPR repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1108 aa  257  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1601  TPR repeat-containing protein  26.44 
 
 		 939 aa  204  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3961  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.85 
 
 		 1058 aa  58.9  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357683  normal  0.258592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3280  peptidase M48 Ste24p  27.68 
 
 		 452 aa  52  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.227869  normal  0.68858 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.9 
 
 		 1000 aa  46.6  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>