More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1916 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4110  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  145  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1916  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  145  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1058  translation initiation factor IF-1  97.18 
 
 		 98 aa  140  8e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1130  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  127  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0438739 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0267  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 101 aa  127  8.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000603814  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1676  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  126  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.446088 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0323  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 		 72 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0187  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  125  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0758  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257345 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0526  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11892  normal  0.0775298 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0211  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 87 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.939577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0640  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 72 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0249  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 72 aa  123  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.410715  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0270  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0242  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00952866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2692  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 		 72 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0849354  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0982  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.548938 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2872  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 		 72 aa  117  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0587815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2139  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3557  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.177852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1790  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  109  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684782  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0680  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  107  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.453286 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0080  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  107  6e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000359666  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1885  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  107  6e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000000423872  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1113  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000744837  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0626  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0599  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1912  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000000211647  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2278  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414764  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4004  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 73 aa  105  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000265509  hitchhiker  0.000014317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1163  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 73 aa  105  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000296746  normal  0.0905518 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1762  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00307993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1412  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.59758e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2146  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000135511  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01031  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 78 aa  103  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00987912  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06135  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 78 aa  103  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0613852  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2255  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0195898  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2296  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3002  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 73 aa  103  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.275871  hitchhiker  0.00604316 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 77 aa  103  9e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1569  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 77 aa  103  9e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471735  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1809  translation initiation factor IF-1  61.11 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23928  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01400  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 75 aa  102  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2056  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3259  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.015028  hitchhiker  0.0000000000497253 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0218  translation initiation factor 1 (bIF-1)  65.28 
 
 		 85 aa  103  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 75 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2160  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 75 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  65.28 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0718  translation initiation factor 1  63.89 
 
 		 87 aa  102  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4007  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.676038  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28260  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1826  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904504  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3182  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142859  normal  0.0830693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3411  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.209503 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3589  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1927  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0134  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000106677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2392  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1160  translation initiation factor IF-1  61.11 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000283848  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2588  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374819  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30240  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2379  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001894  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3612  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1762  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0309  translation initiation factor IF-1  59.72 
 
 		 72 aa  102  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.776821  normal  0.33267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0426  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  102  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.249384  normal  0.130241 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1249  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  102  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000018307  normal  0.0943393 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2132  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0713  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3352  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0756524  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0130  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0421  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 74 aa  101  4e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0738  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 73 aa  101  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0509  translation initiation factor 1  65.71 
 
 		 87 aa  100  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4661  translation initiation factor IF-1  62.86 
 
 		 82 aa  100  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0692274  normal  0.0189166 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>