More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0426 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0426  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  149  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.249384  normal  0.130241 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0297  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00110331  normal  0.109612 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0270  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.712061  normal  0.0408075 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3623  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000249232  hitchhiker  0.0000000000154943 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3755  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0935334  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0348  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.101425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3468  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623681  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3725  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0238444  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3047  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.119475  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4222  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  142  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.271914  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0496  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  142  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0335  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170612  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3928  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2738  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0288  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2818  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.196542  normal  0.235424 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3783  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.752054  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0369  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502306  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3422  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  141  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.198765 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3276  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  140  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759571 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2611  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.430163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3148  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0655502  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1945  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3499  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2998  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2929  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 		 72 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204255 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3317  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 		 72 aa  138  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.795368  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0074  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  137  4.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433818  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3296  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  135  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0300  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000294229  hitchhiker  0.0000161331 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0071  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  132  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.358943  hitchhiker  0.000000000845588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0788  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 72 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0427715  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0519  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  130  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.159478  unclonable  0.0000000000136175 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0349  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  130  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0489809  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0340  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  125  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000179995  unclonable  0.0000000353194 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3972  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  121  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0336  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  120  5e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0680  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.453286 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2927  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0134  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000106677  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0130  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  117  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1750  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  117  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000829048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  117  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  117  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00888  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0959  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483968  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1346  translation initiation factor IF-1  74.29 
 
 		 83 aa  116  9e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2690  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  116  9e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2375  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  116  9e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1285  translation initiation factor IF-1  74.29 
 
 		 83 aa  116  9e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2598  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000268171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1837  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1578  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 73 aa  115  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000164388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0718  translation initiation factor 1  75 
 
 		 87 aa  116  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0744  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1912  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000000211647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2266  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1675  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764362  normal  0.675465 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2691  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000360853  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1407  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0166318  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1713  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.846652  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2215  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0331971  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1981  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1603  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2366  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.302955  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2688  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00223234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2604  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.62411  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2531  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0307  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>