More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3557 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3557  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  149  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.177852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2872  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 		 72 aa  144  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0587815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0982  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 		 72 aa  144  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.548938 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0626  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2278  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414764  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0599  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1790  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  137  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684782  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0211  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 87 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.939577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0640  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  131  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0526  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  131  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11892  normal  0.0775298 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  131  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0758  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  130  9e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257345 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1676  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  129  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.446088 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0323  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0267  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 101 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000603814  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1130  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0438739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0242  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00952866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0270  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0249  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 		 72 aa  127  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.410715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0187  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2692  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 72 aa  121  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0849354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2139  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 		 72 aa  120  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06135  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 78 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0613852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01031  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 78 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00987912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1927  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4110  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1916  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2132  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1058  translation initiation factor IF-1  77.46 
 
 		 98 aa  111  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0498  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0788  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2949  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0700  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0421  translation initiation factor IF-1  69.01 
 
 		 74 aa  108  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1113  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000744837  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2444  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.546311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2051  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.708179  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2239  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  107  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2255  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  107  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0195898  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2296  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  107  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0080  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  107  7.000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000359666  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1885  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  107  7.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000000423872  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1809  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23928  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1857  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0737608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5742  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 73 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1261  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  70 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1688  translation initiation factor 1  68.57 
 
 		 72 aa  105  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000115833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2132  translation initiation factor 1  62.5 
 
 		 73 aa  105  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0444568  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0624  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  105  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3352  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0756524  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2042  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000556493  normal  0.276902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 77 aa  104  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4193  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 92 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.562224  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3614  translation initiation factor 1  67.14 
 
 		 72 aa  103  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000124653  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3769  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00277571  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1569  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 77 aa  104  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1249  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000018307  normal  0.0943393 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0662  translation initiation factor 1  61.11 
 
 		 95 aa  103  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5176  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 73 aa  103  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.411739  normal  0.733527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1826  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904504  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4007  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.676038  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3182  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142859  normal  0.0830693 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3612  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3411  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.209503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3589  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2588  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374819  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28260  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2392  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30240  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1552  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  61.11 
 
 		 75 aa  103  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  61.11 
 
 		 75 aa  103  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1740  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 92 aa  103  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5430  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 92 aa  103  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1463  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 87 aa  103  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0312  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 93 aa  103  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3704  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 93 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0713  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1932  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 74 aa  103  9e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000750543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2439  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2174  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 73 aa  102  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.466444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>