More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0982 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0982  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  148  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.548938 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2872  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 		 72 aa  147  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0587815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3557  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 		 72 aa  144  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.177852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1790  translation initiation factor IF-1  94.44 
 
 		 72 aa  140  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684782  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0626  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0599  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2278  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414764  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0526  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11892  normal  0.0775298 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0211  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 87 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.939577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0640  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  134  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0758  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  134  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257345 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1130  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 		 72 aa  134  6.0000000000000005e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0438739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1676  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 		 72 aa  133  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.446088 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0323  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 		 72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0267  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000603814  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0242  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00952866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0270  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0249  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 		 72 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.410715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0187  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 		 72 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2692  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0849354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1916  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2139  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4110  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1058  translation initiation factor IF-1  80.28 
 
 		 98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06135  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 78 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0613852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01031  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 78 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00987912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1927  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2051  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.708179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2444  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.546311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2239  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2132  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  108  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5742  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 73 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1113  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000744837  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 77 aa  107  5e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1569  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 77 aa  107  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2255  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  107  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0195898  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2296  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  107  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4193  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 92 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.562224  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0662  translation initiation factor 1  62.5 
 
 		 95 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0700  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0788  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1463  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 87 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5176  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 73 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.411739  normal  0.733527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4661  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 82 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0692274  normal  0.0189166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0498  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2034  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2954  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 85 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.119854  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1809  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23928  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1053  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5430  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3402  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0168888 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1857  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0737608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5188  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 73 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0312  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1183  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.219123  normal  0.976132 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1670  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3614  translation initiation factor 1  70 
 
 		 72 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000124653  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0989  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0676628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3704  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1740  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0509  translation initiation factor 1  67.14 
 
 		 87 aa  104  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2949  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2174  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 73 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.466444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4823  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 83 aa  104  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.407366  normal  0.359715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7021  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 96 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.037971  normal  0.608799 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0080  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000359666  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3259  translation initiation factor IF-1  70 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.015028  hitchhiker  0.0000000000497253 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1792  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3512  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.684385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3132  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 87 aa  104  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319222  normal  0.203192 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0624  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1885  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000000423872  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0399  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 93 aa  104  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1261  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2156  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 73 aa  103  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3205  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 91 aa  103  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.737724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1932  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 74 aa  103  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000750543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  67.14 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0981  translation initiation factor IF-1  62.86 
 
 		 85 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.359493  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3352  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0756524  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3769  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00277571  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1688  translation initiation factor 1  68.57 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000115833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1356  translation initiation factor IF-1  62.86 
 
 		 85 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0218  translation initiation factor 1 (bIF-1)  63.89 
 
 		 85 aa  103  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0421  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 74 aa  103  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2132  translation initiation factor 1  59.72 
 
 		 73 aa  102  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0444568  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2373  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000287842  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  59.72 
 
 		 75 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3906  translation initiation factor IF-1  62.86 
 
 		 89 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466658 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2379  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001894  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  59.72 
 
 		 75 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0539  translation initiation factor 1  67.14 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.3184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2439  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>