20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2158 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2158  hypothetical protein  100 
 
 		 108 aa  227  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  72.63 
 
 		 665 aa  144  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2313  alpha amylase, catalytic region  71.58 
 
 		 686 aa  142  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  71.58 
 
 		 665 aa  140  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  66.29 
 
 		 786 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  65.17 
 
 		 765 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  65.17 
 
 		 774 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  62.77 
 
 		 778 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  57.14 
 
 		 639 aa  104  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  55.43 
 
 		 654 aa  96.7  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  50.59 
 
 		 631 aa  92  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  51.09 
 
 		 641 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  45.95 
 
 		 644 aa  69.7  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  43.04 
 
 		 683 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  33.68 
 
 		 620 aa  63.9  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  38.16 
 
 		 623 aa  63.2  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  43.37 
 
 		 630 aa  53.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  29.76 
 
 		 609 aa  51.2  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  34.15 
 
 		 619 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0793  hypothetical protein  64.52 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>