47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6153 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6153    100 
 
 		 327 bp  648    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1140  transposase IS3/IS911 family protein  90.91 
 
 		 324 bp  264  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.816485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2819  transposase IS3/IS911 family protein  89.6 
 
 		 324 bp  145  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  93.41 
 
 		 912 bp  133  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1861  hypothetical protein  86.86 
 
 		 720 bp  129  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1719    91.3 
 
 		 473 bp  119  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.184214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  88.79 
 
 		 849 bp  117  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  88.79 
 
 		 849 bp  117  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1141  integrase catalytic region  89.32 
 
 		 552 bp  117  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0906  transposase IS3/IS911 family protein  87.61 
 
 		 324 bp  113  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6068  transposase DNA binding site ISRme15  81.64 
 
 		 339 bp  109  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.382564 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0009  transposase IS3/IS911 family protein  81.64 
 
 		 330 bp  109  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.445184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1827  transposase IS3/IS911 family protein  81.64 
 
 		 330 bp  109  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.601714  normal  0.0105174 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5542  transposase DNA binding site ISRme15  81.64 
 
 		 339 bp  109  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0739  transposase IS3/IS911 family protein  81.64 
 
 		 330 bp  109  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0235806  normal  0.101516 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3254  transposase IS3/IS911 family protein  84.4 
 
 		 324 bp  105  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  89.13 
 
 		 849 bp  103  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  89.13 
 
 		 849 bp  103  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3905  transposase IS3/IS911 family protein  83.69 
 
 		 324 bp  97.6  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.86052  normal  0.925618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  88.76 
 
 		 858 bp  97.6  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  88.76 
 
 		 858 bp  97.6  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  88.76 
 
 		 858 bp  97.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  88.76 
 
 		 858 bp  97.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  88.76 
 
 		 858 bp  97.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2820  Integrase catalytic region  96.43 
 
 		 915 bp  95.6  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  88.37 
 
 		 915 bp  91.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1608    87.21 
 
 		 916 bp  83.8  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0907  integrase catalytic subunit  92.86 
 
 		 915 bp  79.8  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2492    91.53 
 
 		 565 bp  77.8  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0258476 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0937    83.33 
 
 		 445 bp  75.8  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.346491  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  85.39 
 
 		 855 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  85.39 
 
 		 855 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  85.39 
 
 		 855 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1286  hypothetical protein  89.23 
 
 		 558 bp  73.8  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.350643  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  85.39 
 
 		 855 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3906    88.71 
 
 		 912 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414091  normal  0.612395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  88.71 
 
 		 852 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5203  transposase IS3/IS911  81.03 
 
 		 324 bp  56  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5123  transposase IS3/IS911  81.03 
 
 		 324 bp  56  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3476  hypothetical protein  84.29 
 
 		 657 bp  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.184573 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1895  ISMca3, transposase, OrfA  82.56 
 
 		 324 bp  52  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.827912  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3398  integrase catalytic region  92.11 
 
 		 600 bp  52  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  90 
 
 		 906 bp  48.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  83.1 
 
 		 774 bp  46.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  84.75 
 
 		 900 bp  46.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  84.75 
 
 		 900 bp  46.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  83.1 
 
 		 687 bp  46.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>