94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4227 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4227  hypothetical protein  100 
 
 		 107 aa  213  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4440  transposase IS3/IS911 family protein  43.33 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5065  transposase IS3/IS911 family protein  43.33 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5345  transposase IS3/IS911 family protein  43.33 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0718951 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5556  transposase IS3/IS911 family protein  43.33 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.788381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3905  transposase IS3/IS911 family protein  39.36 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.86052  normal  0.925618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4952  transposase IS3/IS911 family protein  43.33 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3254  transposase IS3/IS911 family protein  38.3 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2819  transposase IS3/IS911 family protein  35.11 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4211  transposase IS3/IS911  35.56 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.892475  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6068  transposase DNA binding site ISRme15  40.23 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.382564 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5542  transposase DNA binding site ISRme15  40.23 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0009  transposase IS3/IS911 family protein  40.23 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.445184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5203  transposase IS3/IS911  37.78 
 
 		 107 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5123  transposase IS3/IS911  37.78 
 
 		 107 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1827  transposase IS3/IS911 family protein  40.23 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.601714  normal  0.0105174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0739  transposase IS3/IS911 family protein  40.23 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0235806  normal  0.101516 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1140  transposase IS3/IS911 family protein  48.21 
 
 		 107 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.816485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1895  ISMca3, transposase, OrfA  35.11 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.827912  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1610  ISAfe7, transposase orfA  38.89 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.20784  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1427  transposase IS3/IS911 family protein  38.89 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.199874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0906  transposase IS3/IS911 family protein  37.08 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4772  IS1203 transposase orfA  36.84 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.371432  normal  0.791155 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3385  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2190  transposase IS911  65.79 
 
 		 47 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2050  transposase IS911  65.79 
 
 		 47 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0042  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3515  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0406871 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3873  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.997702 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4590  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3231  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172275  hitchhiker  0.000705402 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0292  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.642874 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1169  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.481035 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1177  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2788  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.253032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2844  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.865071 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1656  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2285  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.113607  hitchhiker  0.00000000000000192514 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2933  IS629, transposase orfA  36.84 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  hitchhiker  0.0000000000000376997 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0053  IS629, transposase orfA  35.79 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.214082  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0077  putative transposase family protein  47.17 
 
 		 167 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2679  IS629, transposase orfA  35.16 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0539496  normal  0.023589 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1304  IS629, transposase orfA  35.16 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.679412 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1380  IS629, transposase orfA  35.16 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0740626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4643  IS629 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4764  IS1203 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1923  IS629 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.968111  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0101  IS629 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0789962  hitchhiker  0.0000515378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4790  IS1203 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.336245 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1591  IS629 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0989  IS629 transposase orfA  47.27 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2491  IS629, transposase orfA  45.45 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.99232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2259  IS629 transposase orfA  47.17 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0036  IS629, transposase orfA  45.45 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9899  hypothetical protein  34.44 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9837  transposase protein  34.44 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2666  IS629, transposase orfA  45.45 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000331331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1861  hypothetical protein  47.06 
 
 		 239 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0296  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000121277  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2119  transposase IS3/IS911  35.16 
 
 		 109 aa  51.6  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1239  IS1203 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872815  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0207  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1665  IS1203 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0080  IS1203 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000633207  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0060  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1573  transposase IS3/IS911  35.16 
 
 		 109 aa  51.6  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4843  IS629, transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0014  IS629, transposase orfA  47.17 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2976  Tn4652, transposase subunit A  34.78 
 
 		 103 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.57447  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0027  IS629, transposase orfA  34 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.116666  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0288  transposase subfamily  43.64 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.07567e-42  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0246  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0220  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0133  IS629 transposase orfA  43.64 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743036  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3161  transposase IS3/IS911 family protein  33.33 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465896  normal  0.307305 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3765  hypothetical protein  36.59 
 
 		 492 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8266  hypothetical protein  32.22 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8280  hypothetical protein  30.3 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5654  transposase IS3/IS911 family protein  34.38 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.238743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5988  transposase IS3/IS911 family protein  34.38 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000845611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6733  transposase IS3/IS911 family protein  32.95 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.975909  normal  0.0498418 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1596  transposase IS3 family protein  46.67 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.438751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1635  transposase IS3 family protein  46.67 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.169974  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1752  transposase IS3 family protein  46.67 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2514  transposase IS3 family protein  46.67 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.412806 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2936  transposase IS3/IS911 family protein  38 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.312037  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3845  transposase IS3/IS911 family protein  31.11 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.9013  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1617  transposase IS3/IS911 family protein  28.89 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3562  transposase IS3/IS911 family protein  28.89 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107559  normal  0.12566 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1351  transposase IS3/IS911 family protein  34.62 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6464  transposase IS3/IS911 family protein  34.69 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6427  transposase IS3/IS911 family protein  34.69 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.906991 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2097  hypothetical protein  33.96 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230614  normal  0.747224 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3547  transposase IS3/IS911 family protein  31.17 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>