More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1268 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1268  ribosomal protein L21  100 
 
 		 131 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00033008  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4218  ribosomal protein L21  86.41 
 
 		 103 aa  186  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  88.24 
 
 		 103 aa  184  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  88.24 
 
 		 103 aa  183  6e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  87.25 
 
 		 103 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  86.27 
 
 		 103 aa  181  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3917  ribosomal protein L21  86.27 
 
 		 103 aa  178  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0511  50S ribosomal protein L21  81.55 
 
 		 103 aa  176  9e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0526818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0751  50S ribosomal protein L21  82.52 
 
 		 103 aa  176  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0839  50S ribosomal protein L21  82.52 
 
 		 103 aa  176  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  78.64 
 
 		 103 aa  171  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0194  50S ribosomal protein L21  72.28 
 
 		 103 aa  159  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000399206  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 		 103 aa  159  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  72.28 
 
 		 103 aa  157  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0212  50S ribosomal protein L21  71.29 
 
 		 103 aa  157  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.237362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 		 103 aa  157  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  71.29 
 
 		 103 aa  156  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 		 103 aa  154  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2802  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000188755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3666  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000619372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0509  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00322629  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0551  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000001032  normal  0.0263071 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0099  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000205057  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0484  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00989792  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0581  50S ribosomal protein L21  68.32 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000178483  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2523  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.444595  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3526  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0446  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3490  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761621  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3258  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1140  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1305  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2652  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0214685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3449  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  144  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00752607  hitchhiker  0.00404832 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0507  50S ribosomal protein L21  67.33 
 
 		 103 aa  144  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  64.36 
 
 		 103 aa  142  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  63.73 
 
 		 104 aa  138  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1815  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  120  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2246  ribosomal protein L21  53.92 
 
 		 103 aa  120  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000000579103  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 		 103 aa  120  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  57.43 
 
 		 102 aa  118  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  55.34 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 103 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 		 115 aa  117  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000196723  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  55.34 
 
 		 105 aa  117  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 103 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  53.92 
 
 		 115 aa  117  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  52.43 
 
 		 103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0557  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 		 104 aa  114  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  53 
 
 		 104 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  53 
 
 		 104 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  53 
 
 		 104 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  53 
 
 		 104 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0898  ribosomal protein L21  49.02 
 
 		 103 aa  111  3e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000121247  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000620592  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000280512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0179  ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 102 aa  110  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183343  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3565  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 		 103 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3494  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 		 103 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000360043  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3601  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 		 103 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000243272  normal  0.724724 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  50.98 
 
 		 103 aa  110  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  51.49 
 
 		 103 aa  110  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000650093  normal  0.344337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03051  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00856225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0521  ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111872  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3379  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.03555e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4508  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000766256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3584  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.68689e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03002  hypothetical protein  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00734484  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000133447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  50 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3622  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000442245  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3482  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000216305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3671  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000125607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0514  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000928168  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 		 103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000230006  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 		 103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  50 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 		 104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0558  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000282146  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 		 103 aa  107  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 		 103 aa  107  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 104 aa  107  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  48.51 
 
 		 103 aa  107  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000280256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0793  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  107  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000236829  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  51.49 
 
 		 103 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  51.49 
 
 		 103 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  48.51 
 
 		 103 aa  105  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1008  50S ribosomal protein L21P  49.51 
 
 		 103 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000012148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3738  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 		 103 aa  106  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000915025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>