18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00388 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3617  putative signal peptide protein  74.74 
 
 		 574 aa  783    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00388  putative signal peptide protein  100 
 
 		 585 aa  1169    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.052584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4694  conserved hypothetical signal peptide protein  74.74 
 
 		 574 aa  783    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0218305  normal  0.0355925 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2660  hypothetical protein  50.77 
 
 		 564 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.588989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1748  TPR repeat-containing protein  36.51 
 
 		 1157 aa  312  7.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1029  peptidase aspartic, active site  31.09 
 
 		 654 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1193  hypothetical protein  30.05 
 
 		 654 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.699708  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0568  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 940 aa  104  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0632734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2942  TPR repeat-containing protein  24.48 
 
 		 955 aa  104  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.297804  normal  0.363556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3450  hypothetical protein  25 
 
 		 879 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2487  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  24.89 
 
 		 1001 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.875762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3084  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  22.7 
 
 		 990 aa  48.5  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0581  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  22.7 
 
 		 990 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0641  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  22.7 
 
 		 990 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.369188 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3061  TPR repeat-containing protein  22.7 
 
 		 990 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0585  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  22.7 
 
 		 990 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2725  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 856 aa  47  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2933  bacteriophage N4 receptor, outer membrane subunit  25.64 
 
 		 1000 aa  47  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.863782  normal  0.205822 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>