46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4121 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4121  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  100 
 
 		 291 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1337  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  77.9 
 
 		 284 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1842  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  83.33 
 
 		 289 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269543 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4721  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  62.36 
 
 		 274 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2569  hypothetical protein  58.1 
 
 		 265 aa  186  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.69877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3191  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  57.54 
 
 		 276 aa  182  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1677  hypothetical protein  56.02 
 
 		 249 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3073  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.2 
 
 		 263 aa  92.4  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2807  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.58 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.150844  decreased coverage  0.00905915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4783  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.2 
 
 		 252 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1777  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  45.59 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0806  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  51.47 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1890  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  47.83 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4645  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.49 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.559684  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3266  hypothetical protein  29.78 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.172052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2783  periplasmic ligand-binding sensor protein  33.17 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4926  periplasmic ligand-binding sensor protein  33.33 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3004  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.08 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4770  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.09 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0103496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18090  hypothetical protein  29.68 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5408  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.58 
 
 		 253 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2633  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.33 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1339  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.12 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3107  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.96 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335177  normal  0.047306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2881  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.96 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.492463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1156  hypothetical protein  45.95 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0451536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.52 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0121989  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_003296  RS02006  hypothetical protein  28.43 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2035  hypothetical protein  30.65 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1956  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.65 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.901349  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3943  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.58 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.118418 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3830  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.58 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.777067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.57 
 
 		 263 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.015395 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1718  hypothetical protein  32.93 
 
 		 210 aa  53.1  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0189  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.89 
 
 		 240 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0135846  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3674  hypothetical protein  43.06 
 
 		 165 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.907112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4667  hypothetical protein  29.55 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0077  hypothetical protein  34.78 
 
 		 198 aa  50.1  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3819  hypothetical protein  43.66 
 
 		 192 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.666995  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3092  hypothetical protein  43.66 
 
 		 192 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0199  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.87 
 
 		 249 aa  49.3  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0612  hypothetical protein  32.95 
 
 		 225 aa  49.3  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400174  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1006  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.03 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3700  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.16 
 
 		 289 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.997851 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3406  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.92 
 
 		 220 aa  46.2  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3437  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.23 
 
 		 218 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>