225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2506 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2506  hypothetical protein  100 
 
 		 363 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2954  hypothetical protein  86.39 
 
 		 363 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.583634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2794  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  83.93 
 
 		 363 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.102124  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2807  hypothetical protein  78.06 
 
 		 368 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0544289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2300  hypothetical protein  74.93 
 
 		 366 aa  522  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286942  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1641  hypothetical protein  75.48 
 
 		 366 aa  519  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.700598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4014  L-lysine 2,3-aminomutase  73.22 
 
 		 364 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3003  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  66.86 
 
 		 353 aa  447  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.108543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3192  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  66.19 
 
 		 353 aa  450  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3228  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  66 
 
 		 353 aa  448  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3797  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  65.71 
 
 		 350 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0445503  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0453  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  62.4 
 
 		 363 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.284633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1886  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  64.66 
 
 		 356 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3223  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  62.64 
 
 		 356 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3908  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  62.64 
 
 		 362 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.935392 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6024  L-lysine 2,3-aminomutase  60.86 
 
 		 349 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4126  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  64.62 
 
 		 350 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.100876  normal  0.401423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0377  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  64.08 
 
 		 356 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.284595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2740  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  64.08 
 
 		 347 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3476  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  61.21 
 
 		 350 aa  420  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0763  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  63.32 
 
 		 347 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.475279  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0224  L-lysine 2,3-aminomutase  56.96 
 
 		 324 aa  345  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.620911  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1499  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  53.64 
 
 		 382 aa  331  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.73421  normal  0.589587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3965  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  50 
 
 		 345 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1666  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  50 
 
 		 366 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3227  L-lysine 2,3-aminomutase  49.39 
 
 		 340 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3212  hypothetical protein  49.7 
 
 		 340 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2376  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  52.32 
 
 		 325 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1643  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.28 
 
 		 393 aa  276  5e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010571  Oter_1916  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.61 
 
 		 403 aa  266  4e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0988  hypothetical protein  44.07 
 
 		 483 aa  265  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.709939  normal  0.113697 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2513  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.45 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0136  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  47.65 
 
 		 396 aa  264  2e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.192198  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1079  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.26 
 
 		 440 aa  263  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1893  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.56 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.836798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1401  hypothetical protein  45.3 
 
 		 457 aa  258  8e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.536513  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0274  L-lysine 2,3-aminomutase  41.93 
 
 		 435 aa  258  9e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0345  L-lysine 2,3-aminomutase  43.42 
 
 		 453 aa  258  9e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000388257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1886  L-lysine 2,3-aminomutase  40.39 
 
 		 420 aa  256  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185712 
 
 
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NC_010718  Nther_2886  L-lysine 2,3-aminomutase  42.3 
 
 		 416 aa  254  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.623873 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3041  L-lysine 2,3-aminomutase  43.24 
 
 		 527 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1316  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  44.21 
 
 		 385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3939  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  46 
 
 		 419 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0153502  normal  0.0100362 
 
 
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NC_007760  Adeh_2547  L-lysine 2,3-aminomutase  42.63 
 
 		 402 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0600  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.74 
 
 		 427 aa  250  3e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008554  Sfum_0711  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.82 
 
 		 460 aa  248  9e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.62516  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_1403  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.32 
 
 		 402 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013552  DhcVS_197  L-lysine 2,3-aminomutase/beta-lysine acetyltransferase, GNAT family  39.59 
 
 		 730 aa  247  2e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1302  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.32 
 
 		 402 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0802  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.06 
 
 		 437 aa  248  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010003  Pmob_1080  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.13 
 
 		 436 aa  246  4e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0192  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.81 
 
 		 423 aa  246  4e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.863108  n/a   
 
 
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NC_011146  Gbem_2398  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.17 
 
 		 344 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.723604  n/a   
 
 
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NC_007355  Mbar_A0670  L-lysine 2,3-aminomutase  39.39 
 
 		 414 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.420719 
 
 
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NC_002939  GSU1754  L-lysine 2,3-aminomutase  45.18 
 
 		 353 aa  245  8e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.117521  n/a   
 
 
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NC_012034  Athe_2274  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.06 
 
 		 407 aa  245  8e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002936  DET0221  GNAT family L-lysine 2,3-aminomutase/acetyltransferase  40 
 
 		 708 aa  245  9e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.893806  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0666  L-lysine 2,3-aminomutase  39.54 
 
 		 433 aa  245  9e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0598217  n/a   
 
 
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NC_010831  Cphamn1_1649  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.2 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
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NC_013223  Dret_0696  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.86 
 
 		 440 aa  243  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000415374  normal  0.0401463 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0215  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.86 
 
 		 437 aa  243  3e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0133  L-lysine 2,3-aminomutase  39.3 
 
 		 730 aa  243  3e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1223  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.71 
 
 		 433 aa  243  3e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0211  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.59 
 
 		 437 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009635  Maeo_0240  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.23 
 
 		 437 aa  243  5e-63  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0106  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.96 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.928991  normal  0.154212 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1795  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.47 
 
 		 433 aa  242  7e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2149  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.15 
 
 		 347 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000218503  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0207  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.3 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1070  L-lysine 2,3-aminomutase  39.61 
 
 		 416 aa  240  2.9999999999999997e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0171  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  44.31 
 
 		 420 aa  239  4e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_569  lysine 2,3-aminomutase  40.24 
 
 		 439 aa  239  5.999999999999999e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0740  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.74 
 
 		 406 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1821  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.36 
 
 		 344 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1776  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.75 
 
 		 411 aa  238  9e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0350095  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0796  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.47 
 
 		 374 aa  238  9e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2520  hypothetical protein  44.69 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.707016  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2103  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.19 
 
 		 341 aa  237  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1576  hypothetical protein  39.49 
 
 		 438 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0162039 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0189  L-lysine 2,3-aminomutase  41.14 
 
 		 454 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1315  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.7 
 
 		 413 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.603808  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0628  radical SAM domain-containing protein  39.02 
 
 		 439 aa  229  6e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00861881  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0099  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  35.59 
 
 		 365 aa  229  6e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.521426  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2548  L-lysine 2,3-aminomutase  40.38 
 
 		 375 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1765  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.47 
 
 		 346 aa  229  8e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.930699  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4018  radical SAM domain-containing protein  42.28 
 
 		 360 aa  228  9e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1840  L-lysine 2,3-aminomutase  42.86 
 
 		 344 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000138489  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_1402  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.06 
 
 		 415 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.522319  n/a   
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_0601  L-lysine 2,3-aminomutase  38.11 
 
 		 439 aa  225  8e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1301  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.06 
 
 		 415 aa  225  9e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2334  L-lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2145  L-lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2083  lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2079  lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.492987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2408  L-lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.481514  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2300  L-lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2325  L-lysine 2,3-aminomutase  35.31 
 
 		 473 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009674  Bcer98_1688  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  34.47 
 
 		 472 aa  223  3e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.157129  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2281  L-lysine 2,3-aminomutase  36.68 
 
 		 473 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_2118  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  35.03 
 
 		 472 aa  222  8e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.284772  n/a   
 
 
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