24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2288 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2288  hypothetical protein  100 
 
 		 542 aa  1107    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0724599  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3209  putative transcriptional regulator  36.86 
 
 		 1687 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000587168 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1537  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 1672 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000286892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  30.68 
 
 		 1097 aa  89.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.68 
 
 		 1760 aa  67.4  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.18 
 
 		 1686 aa  65.1  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.31 
 
 		 1711 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4662  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.29 
 
 		 322 aa  54.3  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0670  protein of unknown function DUF323  25.65 
 
 		 654 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4110  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.79 
 
 		 729 aa  53.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4542  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  20.79 
 
 		 795 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0772  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.17 
 
 		 902 aa  52.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4451  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  20.79 
 
 		 795 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2534  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.74 
 
 		 941 aa  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.687385  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  21.56 
 
 		 781 aa  47.8  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2362  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.79 
 
 		 630 aa  47  0.0008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1560  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.73 
 
 		 316 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3611  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.01 
 
 		 649 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0773  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 		 481 aa  45.8  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2760  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.26 
 
 		 393 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00577911  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2077  hypothetical protein  28.34 
 
 		 636 aa  45.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.189777  normal  0.779158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2758  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.45 
 
 		 501 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.224771  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2898  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.67 
 
 		 428 aa  44.7  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.180767  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4384  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.1 
 
 		 324 aa  44.3  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>