49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3209 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3209  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 1687 aa  3454    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000587168 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1537  putative transcriptional regulator  52.49 
 
 		 1672 aa  1770    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000286892 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2288  hypothetical protein  36.86 
 
 		 542 aa  162  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0724599  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2948  hypothetical protein  41.61 
 
 		 861 aa  128  9e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.0000000754112  unclonable  0.0000101752 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1474  hypothetical protein  27.87 
 
 		 1625 aa  96.7  4e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.109086  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5788  transglutaminase domain protein  25.07 
 
 		 2543 aa  78.2  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2947  hypothetical protein  36.36 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000155126  hitchhiker  0.00244258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2613  hypothetical protein  25 
 
 		 412 aa  72  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2899  ankyrin  27.15 
 
 		 442 aa  70.5  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0204269  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2077  hypothetical protein  25.57 
 
 		 636 aa  70.5  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.189777  normal  0.779158 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  24.51 
 
 		 781 aa  64.7  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2900  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.69 
 
 		 464 aa  64.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000126613  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0670  protein of unknown function DUF323  26.51 
 
 		 654 aa  63.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1073  HATPase_c domain-containing protein  32.28 
 
 		 807 aa  61.2  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.646345  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0197  hypothetical protein  23.43 
 
 		 1414 aa  59.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.356041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24 
 
 		 1760 aa  60.1  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.46 
 
 		 1686 aa  59.3  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2223  polysaccharide deacetylase  28.87 
 
 		 900 aa  58.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.161248  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2313  hypothetical protein  28.87 
 
 		 903 aa  58.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.88432  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2898  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.19 
 
 		 428 aa  57.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.180767  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07280  conserved hypothetical protein  30.08 
 
 		 1882 aa  57.8  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.955647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03488  polysaccharide deacetylase  28.19 
 
 		 898 aa  57  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2990  putative ATPase  22.38 
 
 		 1406 aa  57  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.12243 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1053  GUN4 domain protein  25.93 
 
 		 670 aa  53.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0234472 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4183  ATP-binding region ATPase domain protein  29.79 
 
 		 1084 aa  53.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.843954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0634  superfamily I DNA/RNA helicase  36.36 
 
 		 1584 aa  53.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0820  hypothetical protein  23.86 
 
 		 1034 aa  52.8  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2362  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.12 
 
 		 630 aa  52.8  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  25.58 
 
 		 890 aa  52.4  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3709  hypothetical protein  23.08 
 
 		 1306 aa  52.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 209 aa  52.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0572  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.7 
 
 		 421 aa  52  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3142  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.67 
 
 		 971 aa  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0120555  normal  0.089148 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3497  caspase-1, p20  26.67 
 
 		 971 aa  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4451  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.47 
 
 		 795 aa  51.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4542  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.47 
 
 		 795 aa  51.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 430 aa  50.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1398  putative transcriptional regulator  34.02 
 
 		 160 aa  49.3  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.809172 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2384  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.82 
 
 		 590 aa  49.3  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00194573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3611  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.52 
 
 		 649 aa  48.9  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2133  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  48.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  28.15 
 
 		 223 aa  48.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1587  putative transcriptional regulator  25.55 
 
 		 225 aa  48.5  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 208 aa  47  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2969  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.53 
 
 		 261 aa  47  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.368497 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4110  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22 
 
 		 729 aa  45.8  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5338  hypothetical protein  29.37 
 
 		 1934 aa  45.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1097 aa  45.8  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1658  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.33 
 
 		 615 aa  45.4  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0826255  normal  0.784993 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>