119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1195 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1195  plasmid maintenance system antidote protein-like  100 
 
 		 68 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2852  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  64.29 
 
 		 100 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3225  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.41 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.114466 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3616  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50.91 
 
 		 100 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.322775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0885  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  56.25 
 
 		 102 aa  62  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0902  hypothetical protein  56.86 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2019  plasmid maintenance system antidote protein  54.9 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4678  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  56.25 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171358  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0533  virulence-associated protein I  70.27 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.888429  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1669  addiction module antidote protein  70.27 
 
 		 101 aa  57.4  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3198  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  52 
 
 		 104 aa  57  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.562378  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2972  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.68 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3424  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  52 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1672  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.92 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0019  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  55.32 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191318  normal  0.0141037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1669  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2343  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.21 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0416284  normal  0.855262 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4027  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1216  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  49.02 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0768  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  51.06 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4141  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0579  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5479  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  49.09 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6218  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  53.06 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4918  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.06 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2889  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45.45 
 
 		 104 aa  53.5  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.955801  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3243  plasmid maintenance system antidote protein  66.67 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0211861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4148  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48 
 
 		 101 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2564  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.68 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.63579  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  54.17 
 
 		 78 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.953679 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2693  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  57.5 
 
 		 92 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1093  hypothetical protein  48 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0672  plasmid maintenance system antidote protein  61.11 
 
 		 171 aa  52  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15068  normal  0.669698 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2896  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.83 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0947  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45.65 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4828  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48 
 
 		 101 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3001  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  54.05 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.770477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4756  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.73 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0642  hypothetical protein  48.94 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000446232  normal  0.460246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4087  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  58.97 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1585  antidote protein, putative  58.97 
 
 		 99 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0921  hypothetical protein  60 
 
 		 151 aa  51.2  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1105  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.98 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912318  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4192  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  58.97 
 
 		 99 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1211  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  59.46 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2786  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.89 
 
 		 106 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000094081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3068  plasmid maintenance system antidote protein  52.27 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959159  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3070  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.14 
 
 		 151 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0043  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  51.06 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0224  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  41.18 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.657872  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1425  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2927  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  52.63 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4764  plasmid maintenance system antidote protein  44 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0750  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.78 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.236771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0403  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.18 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1142  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.18 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.570352  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0608  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0214  virulence-associated protein, putative  55.26 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.756652  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2505  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.46 
 
 		 103 aa  47.8  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000574166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2763  virulence-associated protein, putative  44 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2881  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.516447  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1455  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  46.15 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.077029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3935  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.155055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1906  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000136892  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2106  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.89 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1125  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.18 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.19415 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1610  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27690  plasmid maintenance system antidote protein  55.88 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1535  plasmid maintenance system antidote protein  62.5 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0393222  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.22 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3008  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.68 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2491  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.86 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.289319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1377  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  62.07 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3187  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.89 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0487579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1385  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.59 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03903  addiction module antidote protein, HigA family  50 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2031  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.64 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.65469  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61840  putative virulence-associated protein  47.22 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000756673  hitchhiker  0.00808433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3183  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  55.88 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.171228  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2184  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  51.43 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000446782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5378  addiction module antidote protein  47.22 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.369538  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1543  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  54.05 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4370  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.67 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0372671  normal  0.0360192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0091  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.35 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0089  DNA-binding protein, putative  40.35 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.993479  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2894  addiction module antidote protein, HigA family  37.29 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1368  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42 
 
 		 102 aa  43.9  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0417  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1487  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.86 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0412  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.78 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0929  putative antidote protein  41.3 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0372  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.22 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00434  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.38 
 
 		 113 aa  42.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3127  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  41.38 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.273977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1256  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  58.82 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0149882 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00439  hypothetical protein  41.38 
 
 		 113 aa  42.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.540311  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2823  putative plasmid maintenance system antidote protein  57.58 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0560  addiction module antidote protein  41.38 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0576  addiction module antidote protein, HigA family  41.38 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>