40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2407 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2407  hypothetical protein  100 
 
 		 239 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.105195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3520  hypothetical protein  93.31 
 
 		 239 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2255  hypothetical protein  93.31 
 
 		 239 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3043  putative lipoprotein  89.12 
 
 		 239 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1444  hypothetical protein  58.16 
 
 		 238 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4265  hypothetical protein  51.88 
 
 		 237 aa  250  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123281  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3788  hypothetical protein  49.16 
 
 		 242 aa  241  6e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0260042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50070  hypothetical protein  51.46 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0106693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1590  hypothetical protein  47.86 
 
 		 242 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.557379  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09830  hypothetical protein  46.84 
 
 		 240 aa  205  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.928804  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46580  hypothetical protein  23.81 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3155  hypothetical protein  23.85 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.751817  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0478  hypothetical protein  27.2 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0194  hypothetical protein  35.82 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.743567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3483  hypothetical protein  30.77 
 
 		 230 aa  52.4  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0547  hypothetical protein  30.77 
 
 		 230 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0546  hypothetical protein  30.77 
 
 		 230 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3732  hypothetical protein  24.07 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.817538  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3159  hypothetical protein  29.63 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3326  hypothetical protein  29.49 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0599  hypothetical protein  29.33 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0547  hypothetical protein  30 
 
 		 230 aa  49.7  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4354  hypothetical protein  26.14 
 
 		 229 aa  48.9  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3533  hypothetical protein  26.79 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3762  hypothetical protein  29.49 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.852713 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3944  hypothetical protein  29.49 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.291724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3818  hypothetical protein  29.49 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0429  hypothetical protein  33.33 
 
 		 230 aa  46.6  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0506  hypothetical protein  29.33 
 
 		 230 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0052  hypothetical protein  32.53 
 
 		 257 aa  44.7  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00504  hypothetical protein  27.64 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0595  putative transmembrane protein  25.5 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812754  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2403  hypothetical protein  33.33 
 
 		 220 aa  43.1  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1111  hypothetical protein  24.14 
 
 		 240 aa  42.7  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0309164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2962  hypothetical protein  30.3 
 
 		 265 aa  42.4  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2512  hypothetical protein  25.86 
 
 		 263 aa  42.7  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0104508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1327  hypothetical protein  33.33 
 
 		 239 aa  42.4  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3025  hypothetical protein  21.71 
 
 		 240 aa  42.4  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00392442  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2028  hypothetical protein  26.7 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1336  hypothetical protein  20.88 
 
 		 234 aa  42  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>