278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3009 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3009  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 106 aa  204  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1454  30S ribosomal protein S20  92.78 
 
 		 104 aa  177  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3570  30S ribosomal protein S20  94.57 
 
 		 103 aa  170  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2122  30S ribosomal protein S20  86.46 
 
 		 100 aa  166  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00639471  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1167  30S ribosomal protein S20  91.01 
 
 		 99 aa  161  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2181  30S ribosomal protein S20  87.1 
 
 		 97 aa  158  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752642  normal  0.564535 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3000  30S ribosomal protein S20  87.64 
 
 		 100 aa  157  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1777  30S ribosomal protein S20  86.52 
 
 		 99 aa  157  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2427  30S ribosomal protein S20  87.64 
 
 		 100 aa  157  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3027  30S ribosomal protein S20  70.83 
 
 		 97 aa  133  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.865381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0669  30S ribosomal protein S20  74.44 
 
 		 100 aa  125  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0377  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0919  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.459642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1075  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0677  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0735  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0126  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2512  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0923  30S ribosomal protein S20  57.95 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2904  30S ribosomal protein S20  59.04 
 
 		 88 aa  94  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  60.24 
 
 		 88 aa  93.6  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2575  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.931195 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2470  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0125567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1939  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2600  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2551  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5883  30S ribosomal protein S20  62.2 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2556  30S ribosomal protein S20  59.76 
 
 		 88 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0745  30S ribosomal protein S20  60.98 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.426088 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  57.83 
 
 		 88 aa  90.5  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3203  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 		 92 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2211  30S ribosomal protein S20  60.24 
 
 		 87 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.829407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0759  30S ribosomal protein S20  56.1 
 
 		 92 aa  88.2  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0531  30S ribosomal protein S20  57.32 
 
 		 92 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  53.66 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  53.66 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  50.6 
 
 		 87 aa  83.6  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1471  30S ribosomal protein S20  60.49 
 
 		 88 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  53.01 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  54.32 
 
 		 88 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  52.94 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4233  ribosomal protein S20  54.22 
 
 		 87 aa  78.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000543427  hitchhiker  0.000000915309 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1756  30S ribosomal protein S20  56.63 
 
 		 88 aa  79  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.443874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2426  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 		 88 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.542017 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2832  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 		 88 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.462714  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  51.76 
 
 		 91 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3210  30S ribosomal protein S20  53.01 
 
 		 86 aa  78.2  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0094  ribosomal protein S20  48.81 
 
 		 89 aa  77.4  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  51.81 
 
 		 87 aa  77.4  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  50.6 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  50.6 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  51.85 
 
 		 92 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  51.85 
 
 		 90 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  54.32 
 
 		 109 aa  75.9  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  54.32 
 
 		 109 aa  75.9  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  53.66 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  53.66 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  53.66 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  53.09 
 
 		 88 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 92 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 92 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 92 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 92 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  48.81 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 88 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000396831  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0859  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 89 aa  72  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000132311  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  51.22 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  46.34 
 
 		 89 aa  68.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 87 aa  68.2  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5203  30S ribosomal protein S20  51.76 
 
 		 91 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.614694  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  46.99 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  48.19 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  48.19 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  48.19 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2024  ribosomal protein S20  42.17 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000205272  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  46.99 
 
 		 86 aa  65.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  43.75 
 
 		 87 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  44.58 
 
 		 87 aa  63.9  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  42.17 
 
 		 88 aa  64.3  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  46.34 
 
 		 87 aa  63.9  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000160392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2726  30S ribosomal protein S20  51.22 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000316732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3274  ribosomal protein S20  46.91 
 
 		 86 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  46.34 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021535  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 86 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  46.34 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000255802  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  46.34 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000378838  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>