277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0669 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0669  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 100 aa  185  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3027  30S ribosomal protein S20  84.54 
 
 		 97 aa  156  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.865381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2181  30S ribosomal protein S20  77.08 
 
 		 97 aa  138  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752642  normal  0.564535 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3009  30S ribosomal protein S20  75 
 
 		 106 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1454  30S ribosomal protein S20  73.74 
 
 		 104 aa  136  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2122  30S ribosomal protein S20  71.58 
 
 		 100 aa  130  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00639471  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3570  30S ribosomal protein S20  75.27 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1167  30S ribosomal protein S20  75.56 
 
 		 99 aa  126  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2427  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 100 aa  121  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3000  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 100 aa  121  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1777  30S ribosomal protein S20  68.89 
 
 		 99 aa  120  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2556  30S ribosomal protein S20  68.29 
 
 		 88 aa  102  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  63.86 
 
 		 88 aa  99.4  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2904  30S ribosomal protein S20  63.86 
 
 		 88 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5883  30S ribosomal protein S20  65.12 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2512  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0923  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2470  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0125567 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0377  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0919  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.459642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1075  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0735  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2575  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.931195 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1939  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0126  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2600  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2551  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0677  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0745  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.426088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3203  30S ribosomal protein S20  59.3 
 
 		 92 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 		 88 aa  93.6  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0759  30S ribosomal protein S20  59.3 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0531  30S ribosomal protein S20  59.76 
 
 		 92 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0094  ribosomal protein S20  57.14 
 
 		 89 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2211  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 		 87 aa  90.9  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.829407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1756  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 		 88 aa  87  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.443874  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  53.57 
 
 		 88 aa  86.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  53.57 
 
 		 88 aa  86.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2426  30S ribosomal protein S20  68.67 
 
 		 88 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.542017 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 		 92 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2832  30S ribosomal protein S20  68.67 
 
 		 88 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.462714  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  53.01 
 
 		 87 aa  85.9  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  56.47 
 
 		 89 aa  84.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3210  30S ribosomal protein S20  60.24 
 
 		 86 aa  84.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1471  30S ribosomal protein S20  60.49 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  56.63 
 
 		 87 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  52.38 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  52.94 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  51.76 
 
 		 91 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  51.76 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 109 aa  77.8  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 109 aa  77.8  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2024  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000205272  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  52.5 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4233  ribosomal protein S20  54.22 
 
 		 87 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000543427  hitchhiker  0.000000915309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  51.76 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  48.78 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  46.99 
 
 		 88 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 88 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0478  SSU ribosomal protein S20P  50 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.075192  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  50.63 
 
 		 87 aa  72  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  49.41 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  45 
 
 		 87 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5203  30S ribosomal protein S20  53.49 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.614694  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  52.38 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  48.19 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  45.78 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  68.2  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  67.8  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0500  30S ribosomal protein S20  44.58 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.166841  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1678  30S ribosomal protein S20  44.58 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0859  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 		 89 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000132311  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  47.62 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000443906  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  45.78 
 
 		 87 aa  67  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 		 88 aa  67  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  45.78 
 
 		 87 aa  67  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1122  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.453734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  46.94 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  46.94 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2726  30S ribosomal protein S20  47.56 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000316732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  44.05 
 
 		 87 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000160392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00014  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 		 89 aa  65.1  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000123306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>