17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2245 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2245  TraX family protein  100 
 
 		 233 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0036166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2699  TraX family protein  48.73 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5167  TraX family protein  45.92 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0411  hypothetical protein  42.04 
 
 		 248 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4765  hypothetical protein  40.68 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5209  hypothetical protein  42.66 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05830  TraX domain-containing membrane protein  42.67 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2346  TraX family protein  28.32 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6516  conjugal transfer protein TrbP  32.46 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6621  conjugal transfer protein TrbP  32.46 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4260  conjugal transfer protein TrbP  32.46 
 
 		 232 aa  49.7  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457278 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5825  conjugal transfer protein TrbP  30.58 
 
 		 238 aa  49.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.516785  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0272  conjugal transfer pilus acetylation protein TraX  41.67 
 
 		 248 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1445  hypothetical protein  28.69 
 
 		 238 aa  43.1  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0030  conjugal transfer pilus acetylation protein TraX  41.67 
 
 		 248 aa  43.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3371  hypothetical protein  31.07 
 
 		 256 aa  42  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000047546  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4312  TraX family protein  42.65 
 
 		 255 aa  42  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.60113  decreased coverage  0.000185493 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>