30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3042 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3042    100 
 
 		 489 bp  969    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0204685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59580  putative transposase  79.83 
 
 		 1536 bp  89.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000128729  hitchhiker  1.83127e-18 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3964  ISPpu14, transposase Orf3  79.66 
 
 		 1536 bp  87.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0037  transposase IS66  79.66 
 
 		 1536 bp  87.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.321823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4443  ISPpu14, transposase Orf3  79.66 
 
 		 1536 bp  87.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.801949  hitchhiker  0.0000589528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5396  ISPpu14, transposase Orf3  79.66 
 
 		 1536 bp  87.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118381  hitchhiker  0.00957485 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0745    81.98 
 
 		 540 bp  87.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5957    90.14 
 
 		 1182 bp  85.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0111305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0422  transposase IS66  84 
 
 		 825 bp  71.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3501  ISPpu14, transposase Orf3  86.08 
 
 		 1536 bp  69.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4439  ISPpu14, transposase Orf3  86.08 
 
 		 1536 bp  69.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414491  hitchhiker  0.0000684735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3981  ISPpu14, transposase Orf3  86.08 
 
 		 1536 bp  69.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0385183 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5982  transposase IS66  83.17 
 
 		 1572 bp  65.9  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0744    81.34 
 
 		 702 bp  60  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0710  transposase IS66  88.89 
 
 		 729 bp  60  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2975  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2669  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870521  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0833  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.423143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3322  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1485  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000322511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1170  transposase IS66  79.5 
 
 		 1530 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.934596  normal  0.320109 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1167    79.5 
 
 		 3476 bp  58  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366883  normal  0.484716 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6939  transposase IS66  80.29 
 
 		 1554 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5173  transposase IS66  79.07 
 
 		 1536 bp  56  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3355    77.88 
 
 		 467 bp  52  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51550  putative transposase  92.11 
 
 		 1101 bp  52  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000328821  hitchhiker  0.0000539108 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2916  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0632    91.67 
 
 		 469 bp  48.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2455  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0572  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0648577 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>