38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1593 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1593  transcription activator effector binding  100 
 
 		 154 aa  319  9.000000000000001e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.350855  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3021  DNA gyrase inhibitor  38.46 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2577  DNA gyrase inhibitor  30.07 
 
 		 157 aa  87  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2184  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 155 aa  84.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2397  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 155 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2231  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 155 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.107411  normal  0.171145 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2284  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 155 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0569461 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2238  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 155 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.478709  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1648  transcription activator effector binding protein  31.82 
 
 		 157 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1226  DNA gyrase inhibitor  31.82 
 
 		 157 aa  82.4  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0804022  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2147  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1631  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01898  hypothetical protein  31.17 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2865  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01912  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1052  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170354 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2300  DNA gyrase inhibitor  31.17 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  30.38 
 
 		 326 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  24.37 
 
 		 300 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 436 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 296 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 296 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 296 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  28.57 
 
 		 299 aa  48.5  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03630  transcription activator effector binding  26.13 
 
 		 231 aa  48.9  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  30.56 
 
 		 160 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  29.58 
 
 		 156 aa  48.5  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 296 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 314 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 326 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 296 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  31.82 
 
 		 159 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0684  MerR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 279 aa  40  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>