More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1940 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1940  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  100 
 
 
262 aa  526  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.333296 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1349  hypothetical protein  66.93 
 
 
258 aa  294  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1726  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  59.27 
 
 
260 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0402438 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2695  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  59.02 
 
 
264 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3397  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  59 
 
 
275 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.056672  normal  0.0184534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2095  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  56.6 
 
 
247 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00531734  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3403  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  59.59 
 
 
299 aa  247  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.391114 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2047  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  53.21 
 
 
277 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442557  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1988  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  54.17 
 
 
284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.337161  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1014  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  58.38 
 
 
330 aa  225  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0870  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  47.47 
 
 
267 aa  221  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.049758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1014  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  47.47 
 
 
267 aa  221  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0318516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3220  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  46.64 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2615  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  46.88 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2486  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  46.48 
 
 
285 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.184998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0742  ThiF family protein  47.04 
 
 
285 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.441652  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0729  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  46.88 
 
 
285 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0902  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0360  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00356091  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0905  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.386795  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0108  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00087346  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2495  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0660  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0996044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1062  HesA/MoeB/ThiF family protein  47.31 
 
 
341 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.251408  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5899  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  47.66 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525641  normal  0.531481 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1956  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  47.27 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.3958  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2567  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  47.27 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450041  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2591  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  47.27 
 
 
285 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0656  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  45.38 
 
 
255 aa  208  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0718  HesA/MoeB/ThiF family protein  45.77 
 
 
288 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0036619  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0515  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  44.84 
 
 
286 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.632456  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4459  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  42.86 
 
 
259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000135994 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2639  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold-containing protein  44.19 
 
 
302 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0774  hypothetical protein  40.77 
 
 
300 aa  191  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.22156  decreased coverage  0.00314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0818  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  42.37 
 
 
295 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412635  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0073  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.92 
 
 
264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000480961  normal  0.411412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0722  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  38.87 
 
 
300 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3305  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  46.51 
 
 
274 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0792  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  38.87 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.15291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1525  ThiF family protein  42.68 
 
 
276 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0542  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  40.48 
 
 
264 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1791  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  40.94 
 
 
263 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3133  ThiF family protein  40.08 
 
 
268 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.852277  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1255  hypothetical protein  36.82 
 
 
255 aa  181  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000298288  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3199  ThiF family protein  40.08 
 
 
268 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3313  ThiF family protein  40.08 
 
 
268 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.223246  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3213  ThiF family protein  40.08 
 
 
268 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03292  hypothetical protein  38.43 
 
 
269 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3058  ThiF family protein  39.92 
 
 
268 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0969752  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0996  thiF family protein  40.74 
 
 
275 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0511396  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1048  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.74 
 
 
275 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3224  hypothetical protein  40.74 
 
 
275 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  normal  0.551633 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3150  ThiF family protein  40.08 
 
 
268 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2212  thiF family protein  37.79 
 
 
272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2953  ThiF family protein  39.92 
 
 
266 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0973303  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02663  hypothetical protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0876  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.995076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3118  ThiF family protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00141325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02624  hypothetical protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2956  ThiF family protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00132  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0900  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.92 
 
 
268 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0852  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  38.37 
 
 
261 aa  179  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002691  HesA/MoeB/ThiF family protein  38.43 
 
 
269 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1898  HesA/MoeB/ThiF family protein  38.04 
 
 
273 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3182  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.84 
 
 
277 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0546  HesA/MoeB/ThiF family protein  36.84 
 
 
277 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0491251  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0923  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.68 
 
 
270 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145938  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3809  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.68 
 
 
268 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000533838  hitchhiker  0.000000527658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3381  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.08 
 
 
272 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.383516  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2998  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.68 
 
 
275 aa  175  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4077  ThiF family protein  39.53 
 
 
266 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152819  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1681  HesA/MoeB/ThiF family protein  40.53 
 
 
296 aa  169  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01865  HesA/MoeB/ThiF family protein  44.53 
 
 
258 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.385357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1090  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  43.5 
 
 
270 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0664  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  45.13 
 
 
259 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0504  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  41 
 
 
267 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568309  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3226  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.55 
 
 
272 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0542286  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3568  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.08 
 
 
269 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.187067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0780  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.94 
 
 
270 aa  165  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0816  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.08 
 
 
269 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859159  hitchhiker  0.000000000117233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0791  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.08 
 
 
269 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.456786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0823  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.08 
 
 
269 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.65754  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0735  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.16 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.349045  decreased coverage  0.0000365596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3895  HesA/MoeB/ThiF family protein  40.16 
 
 
267 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0763  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.16 
 
 
272 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.568059  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1192  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  45.98 
 
 
249 aa  162  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0784521 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1333  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  42.28 
 
 
276 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.100552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2895  UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold  45.75 
 
 
274 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3258  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.89 
 
 
268 aa  159  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0512  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.32 
 
 
268 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4092  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  42.68 
 
 
269 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4007  UBA/ThiF-type NAD/FAD binding protein  40.49 
 
 
271 aa  158  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.751788  hitchhiker  0.0000000536443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4150  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.27 
 
 
271 aa  158  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0818457  normal  0.243283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1527  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  40.84 
 
 
271 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0678963  normal  0.117289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3064  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  43.03 
 
 
269 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1990  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  36.47 
 
 
268 aa  155  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000722698 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4197  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  41.87 
 
 
269 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489561  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0688  hypothetical protein  36.08 
 
 
271 aa  155  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0324843  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0591  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  39.84 
 
 
266 aa  155  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.266567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1136  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  41.87 
 
 
269 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.761745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>