More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0071 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0071  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 
189 aa  379  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1426  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  55.19 
 
 
190 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.21881  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4499  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  51.87 
 
 
192 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.249413 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3791  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.15 
 
 
162 aa  141  7e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000628434  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.44 
 
 
176 aa  140  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7476  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3187  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.64 
 
 
177 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4277  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.17 
 
 
173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.59 
 
 
169 aa  136  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0962  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.64 
 
 
173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0323  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  42.5 
 
 
176 aa  135  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4219  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.75 
 
 
177 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1884  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  38.89 
 
 
176 aa  131  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2720  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.01 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0122897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1269  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.66 
 
 
180 aa  128  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120231  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2425  electron transport protein HydN  38.89 
 
 
180 aa  124  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2192  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.84 
 
 
189 aa  122  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.574269 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4577  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.81 
 
 
188 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0474  electron transport protein  38.81 
 
 
201 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4220  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  40.99 
 
 
667 aa  118  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3186  electron transport protein HydN  40.59 
 
 
181 aa  117  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02563  formate dehydrogenase-H, [4Fe-4S] ferredoxin subunit  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0976  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.961546  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3152  electron transport protein HydN  40.44 
 
 
181 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0528498 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0999  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184229 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2849  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02528  hypothetical protein  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2836  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0600195 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3963  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2994  electron transport protein HydN  40.44 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426754 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3164  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3029  electron transport protein HydN  40.44 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.135002  hitchhiker  0.0000568906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3045  electron transport protein HydN  40.44 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.062215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2963  electron transport protein HydN  40.44 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2997  electron transport protein HydN  39.64 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0146  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.12 
 
 
153 aa  115  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4011  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  41.61 
 
 
671 aa  115  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4598  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.57 
 
 
674 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02359  fused predicted oxidoreductase: FeS binding subunit/NAD/FAD-binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1202  glutamate synthase, small subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02321  hypothetical protein  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2747  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2614  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4278  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  37.79 
 
 
674 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2597  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3689  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1209  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  42.76 
 
 
659 aa  115  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0881  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.37 
 
 
166 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00910  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  40.57 
 
 
177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3896  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.25 
 
 
157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3684  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
671 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3831  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
671 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4949  4Fe-4S binding domain protein  41.51 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.773507 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3864  protein AegA  41.83 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4070  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.51 
 
 
157 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3777  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.51 
 
 
157 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02719  fused predicted oxidoreductase: Fe-S subunit/nucleotide-binding subunit  37.34 
 
 
639 aa  111  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.645613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0806  glutamate synthase, small subunit  37.34 
 
 
639 aa  111  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3046  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  37.34 
 
 
639 aa  111  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0822  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  37.34 
 
 
639 aa  111  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3212  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  37.34 
 
 
639 aa  111  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.845239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3989  hypothetical protein  40.85 
 
 
157 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4050  hypothetical protein  40.85 
 
 
157 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03376  hypothetical protein  41.51 
 
 
157 aa  110  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03425  predicted hydrogenase, 4Fe-4S ferredoxin-type component  41.51 
 
 
157 aa  110  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0137  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.51 
 
 
157 aa  110  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3880  protein AegA  40.85 
 
 
157 aa  110  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0141  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.51 
 
 
157 aa  110  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0730  4Fe-4S ferrodoxin  41.61 
 
 
185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503166  normal  0.464692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0476  electron transport protein  45.51 
 
 
164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4176  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  37.34 
 
 
641 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.623364  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2963  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  41.56 
 
 
658 aa  110  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.594165 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.74 
 
 
154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.827111  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3949  4Fe-4S binding domain protein  40.88 
 
 
157 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1915  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.76 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3944  oxidoreductase AegA  41.83 
 
 
157 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.716266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3019  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  36.71 
 
 
644 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3830  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.99 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.994678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3683  iron-sulfur cluster-binding protein  40.99 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1792  electron transport protein HydN  35.79 
 
 
189 aa  107  7.000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.288357  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2712  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
653 aa  107  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4576  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  38.71 
 
 
205 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2623  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
653 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2672  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
653 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2738  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.74 
 
 
653 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2858  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.6 
 
 
208 aa  105  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.874792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3211  4Fe-4S binding protein  38.22 
 
 
162 aa  105  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.624865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0823  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.22 
 
 
162 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1340  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.26 
 
 
168 aa  105  5e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0133  hydrogenase-3 small subunit  38.41 
 
 
211 aa  105  5e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.952197  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3018  4Fe-4S binding protein  38.22 
 
 
162 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0807  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.22 
 
 
162 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2845  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  39.07 
 
 
653 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.625431  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3045  4Fe-4S binding protein  38.22 
 
 
162 aa  104  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02680  hypothetical protein  38.22 
 
 
162 aa  104  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3197  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.86 
 
 
202 aa  104  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0965  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.35 
 
 
203 aa  103  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2860  formate hydrogenlyase, subunit B  35.35 
 
 
203 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3975  formate hydrogenlyase, subunit B  35.35 
 
 
203 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2328  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.49 
 
 
162 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00827225  normal  0.0170821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0988  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.35 
 
 
203 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.222479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>