171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2093 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2381  putative RNA-binding protein  100 
 
 		 100 aa  201  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0672076  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2093  putative RNA-binding protein  100 
 
 		 100 aa  201  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.208178  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0164  hypothetical protein  54.17 
 
 		 96 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1324  protein of unknown function UPF0044  52.08 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1123  protein of unknown function UPF0044  50.53 
 
 		 95 aa  101  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000093514  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3059  hypothetical protein  47.92 
 
 		 96 aa  99.8  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0746318  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1652  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1687  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25086  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2547  hypothetical protein  51.04 
 
 		 96 aa  97.1  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0888013  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4414  hypothetical protein  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4231  hypothetical protein  45.36 
 
 		 121 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4069  hypothetical protein  45.36 
 
 		 121 aa  95.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000290604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4079  hypothetical protein  45.36 
 
 		 121 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.289994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4355  conserved hypothetical protein TIGR00253  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0557259 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4560  hypothetical protein  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0173366  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4466  conserved hypothetical protein TIGR00253  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000735494  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0784  hypothetical protein TIGR00253  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000244145  hitchhiker  0.00000644143 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4453  conserved hypothetical protein TIGR00253  45.36 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564028  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2457  protein of unknown function UPF0044  46.39 
 
 		 97 aa  92.8  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000030989  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4184  hypothetical protein  43.3 
 
 		 97 aa  90.5  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0603657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4333  protein of unknown function UPF0044  45.36 
 
 		 97 aa  90.1  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000519396  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1162  hypothetical protein  41.24 
 
 		 97 aa  87.8  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.892315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0994  protein of unknown function UPF0044  43.75 
 
 		 97 aa  84.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14090  conserved hypothetical protein TIGR00253  44.79 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000062411  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1263  hypothetical protein  40.21 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.125773  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1236  hypothetical protein  39.36 
 
 		 103 aa  80.5  0.000000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000939316  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1663  hypothetical protein  37.62 
 
 		 105 aa  79  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.593227  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0825  RNA-binding protein, YhbY family  41.86 
 
 		 101 aa  78.2  0.00000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1584  RNA-binding protein  40.43 
 
 		 105 aa  77.8  0.00000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00164206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1764  hypothetical protein  35.05 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000276764  normal  0.0263174 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1001  hypothetical protein  39.6 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.330419  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1188  hypothetical protein  38 
 
 		 105 aa  74.3  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000689074  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1894  protein of unknown function UPF0044  33 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2232  protein of unknown function UPF0044  38.54 
 
 		 109 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000120736  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2315  protein of unknown function UPF0044  33 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6001  protein of unknown function UPF0044  38.38 
 
 		 101 aa  70.9  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.611546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1637  hypothetical protein  37.89 
 
 		 103 aa  70.1  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0014086  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0930  protein of unknown function UPF0044  36.67 
 
 		 94 aa  68.2  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00534921  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0283  hypothetical protein  35 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.102487  normal  0.840027 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03406  hypothetical protein  37.62 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002601  RNA binding protein  36.63 
 
 		 98 aa  67  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00022914  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3473  protein of unknown function UPF0044  36 
 
 		 97 aa  67  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000144439  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0164  hypothetical protein  36.63 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000162983  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03045  predicted RNA-binding protein  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000412792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0527  protein of unknown function UPF0044  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112279  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0520  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000013717  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4502  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000031754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02996  hypothetical protein  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3590  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.48683e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3354  protein of unknown function UPF0044  35 
 
 		 97 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000296508  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1739  RNA-binding protein  34.83 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3476  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3372  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.8642399999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3665  RNA-binding protein YhbY  36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138412  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0230  RNA-binding protein  36.46 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0799  protein of unknown function UPF0044  36 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000186202  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0952  RNA-binding protein  38 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000959457  normal  0.423674 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3487  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000291277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3557  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3656  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0001228  normal  0.404761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1569  hypothetical protein  34.02 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000968018  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3594  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0222253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3488  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0564  hypothetical protein  36 
 
 		 97 aa  63.9  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00222762  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1131  hypothetical protein  36.84 
 
 		 98 aa  63.5  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2836  hypothetical protein  37 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231858  normal  0.0108243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3614  RNA-binding protein YhbY  35 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000635626  normal  0.233722 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0054  putative RNA-binding protein  39.33 
 
 		 101 aa  63.2  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000142088  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3069  hypothetical protein  38 
 
 		 99 aa  62.8  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00393169  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0810  hypothetical protein  31.25 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0998  hypothetical protein  38 
 
 		 99 aa  62.4  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000139607  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0701  protein of unknown function UPF0044  39.8 
 
 		 99 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0143521  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0481  hypothetical protein  34 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000159675  normal  0.788742 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0590  putative RNA-binding protein  33.66 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00320322  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0907  RNA-binding protein  35.96 
 
 		 106 aa  60.8  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.140498  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0809  hypothetical protein  33.66 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  normal  0.0131963 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0272  protein of unknown function UPF0044  35.05 
 
 		 170 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3398  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  decreased coverage  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3570  hypothetical protein  37 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000605463  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0283  protein of unknown function UPF0044  35.05 
 
 		 177 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0635336  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0261  hypothetical protein  34.38 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0937729  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0981  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000254887  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01665  RNA binding protein; ancient RNA-binding IF3-C fold  31.25 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00348819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3426  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000346407  decreased coverage  0.0000900538 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1119  protein of unknown function UPF0044  36 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0127613  hitchhiker  0.0000000000583133 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3248  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000511442  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2843  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000290881  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3290  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000365798  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00160  hypothetical protein  34.69 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1021  hypothetical protein  35 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000882281  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0979  hypothetical protein  34.04 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533015  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1974  protein of unknown function UPF0044  28.12 
 
 		 106 aa  57.8  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343693  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0180  protein of unknown function UPF0044  31.11 
 
 		 106 aa  57.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2495  hypothetical protein  36.46 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00057031  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1077  hypothetical protein  32.99 
 
 		 101 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1195  hypothetical protein  35 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1017  hypothetical protein  35 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00654366  hitchhiker  0.00428084 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1082  hypothetical protein  35 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0287307  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0064  hypothetical protein  32 
 
 		 101 aa  57  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.618195  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3700  hypothetical protein  33.68 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>