182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3590 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03045  predicted RNA-binding protein  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000412792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0527  protein of unknown function UPF0044  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112279  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3476  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3372  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.8642399999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0520  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000013717  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4502  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000031754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3665  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138412  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3590  RNA-binding protein YhbY  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.48683e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02996  hypothetical protein  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3487  RNA-binding protein YhbY  95.88 
 
 		 110 aa  189  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000291277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3594  RNA-binding protein YhbY  95.88 
 
 		 110 aa  189  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0222253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3656  RNA-binding protein YhbY  95.88 
 
 		 110 aa  189  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0001228  normal  0.404761 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3488  RNA-binding protein YhbY  95.88 
 
 		 110 aa  189  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3557  RNA-binding protein YhbY  95.88 
 
 		 110 aa  189  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3614  RNA-binding protein YhbY  93.81 
 
 		 110 aa  185  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000635626  normal  0.233722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0481  hypothetical protein  89.69 
 
 		 97 aa  180  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000159675  normal  0.788742 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0799  protein of unknown function UPF0044  89.69 
 
 		 97 aa  176  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000186202  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0564  hypothetical protein  88.66 
 
 		 97 aa  174  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00222762  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3473  protein of unknown function UPF0044  88.66 
 
 		 97 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000144439  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3354  protein of unknown function UPF0044  84.54 
 
 		 97 aa  166  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000296508  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3983  hypothetical protein  80.41 
 
 		 97 aa  158  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3738  hypothetical protein  80.41 
 
 		 97 aa  158  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0371297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3604  hypothetical protein  80.41 
 
 		 97 aa  158  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000221446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03406  hypothetical protein  78.35 
 
 		 98 aa  156  8e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002601  RNA binding protein  79.38 
 
 		 98 aa  155  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00022914  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0164  hypothetical protein  79.38 
 
 		 98 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000162983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0590  putative RNA-binding protein  78.35 
 
 		 98 aa  153  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00320322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0952  RNA-binding protein  74.23 
 
 		 99 aa  147  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000959457  normal  0.423674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1119  protein of unknown function UPF0044  73.2 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0127613  hitchhiker  0.0000000000583133 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3426  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000346407  decreased coverage  0.0000900538 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3248  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000511442  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2843  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000290881  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3290  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000365798  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1195  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1017  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00654366  hitchhiker  0.00428084 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1082  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0287307  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0809  hypothetical protein  70.1 
 
 		 110 aa  142  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  normal  0.0131963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1021  hypothetical protein  73.2 
 
 		 99 aa  142  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000882281  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0998  hypothetical protein  72.16 
 
 		 99 aa  141  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000139607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3570  hypothetical protein  70.1 
 
 		 99 aa  140  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000605463  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1001  hypothetical protein  74.23 
 
 		 98 aa  140  5e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.330419  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0981  hypothetical protein  71.13 
 
 		 99 aa  140  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000254887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3398  hypothetical protein  71.13 
 
 		 99 aa  140  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  decreased coverage  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3069  hypothetical protein  71.13 
 
 		 99 aa  140  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00393169  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1569  hypothetical protein  72.16 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000968018  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3454  hypothetical protein  70.1 
 
 		 98 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2836  hypothetical protein  71.13 
 
 		 102 aa  138  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231858  normal  0.0108243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01665  RNA binding protein; ancient RNA-binding IF3-C fold  69.07 
 
 		 97 aa  137  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00348819  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0810  hypothetical protein  45.26 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0701  protein of unknown function UPF0044  50 
 
 		 99 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0143521  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00160  hypothetical protein  48.96 
 
 		 101 aa  93.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1974  protein of unknown function UPF0044  48.98 
 
 		 106 aa  90.9  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343693  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1978  hypothetical protein  52 
 
 		 100 aa  90.1  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00695229 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0979  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533015  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1131  hypothetical protein  47.87 
 
 		 98 aa  88.6  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1637  hypothetical protein  43.75 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1465  protein of unknown function UPF0044  44.9 
 
 		 101 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2172  hypothetical protein  45.05 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2722  RNA-binding protein  45.05 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.94902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3356  hypothetical protein  43.33 
 
 		 102 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60842  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1772  hypothetical protein  48.35 
 
 		 118 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.590818  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1018  hypothetical protein  46.51 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42910  hypothetical protein  43.75 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.728949  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1850  hypothetical protein  48.81 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.597502  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3083  hypothetical protein  46.51 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0481  hypothetical protein  43.96 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0235201  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2190  hypothetical protein  42.53 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0303198  normal  0.0370255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62880  hypothetical protein  45.35 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5473  hypothetical protein  45.35 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4189  hypothetical protein  47.67 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.384209  normal  0.811113 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2713  hypothetical protein  52.27 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4499  conserved hypothetical protein TIGR00253  48.84 
 
 		 103 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4720  hypothetical protein  43.75 
 
 		 127 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2844  hypothetical protein  51.14 
 
 		 88 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0064  hypothetical protein  41.67 
 
 		 101 aa  79.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.618195  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4721  hypothetical protein  43.75 
 
 		 102 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2613  hypothetical protein  41.41 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.846153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3617  hypothetical protein  44.79 
 
 		 103 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4586  hypothetical protein  43.75 
 
 		 102 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0712  hypothetical protein  43.75 
 
 		 102 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0375434 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1263  hypothetical protein  42.11 
 
 		 98 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.125773  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0770  hypothetical protein  48.84 
 
 		 102 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00791393  normal  0.102393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0877  hypothetical protein  41.11 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.932104  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2232  protein of unknown function UPF0044  46.81 
 
 		 109 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000120736  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0076  RNA-binding protein  41.67 
 
 		 101 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2009  hypothetical protein  40.66 
 
 		 157 aa  77  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.712889  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0942  hypothetical protein  43.18 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2778  CRS1/YhbY domain-contain protein  42.53 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.383882  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1260  hypothetical protein  42.53 
 
 		 175 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1015  hypothetical protein  41.38 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2864  protein of unknown function UPF0044  42.53 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0666776  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0775  hypothetical protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.487091  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1613  CRS1/YhbY domain-contain protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2737  hypothetical protein  42.35 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.438343  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1286  hypothetical protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0582  hypothetical protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1480  putative RNA-binding protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.243093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1510  putative RNA-binding protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.745158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0569  hypothetical protein  42.53 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.606782  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2358  protein of unknown function UPF0044  42.35 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.496102  hitchhiker  0.000000000651126 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>