64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3744 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3744  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  247  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2425  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  43.06 
 
 		 938 aa  60.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3976  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  40.79 
 
 		 988 aa  60.5  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.629167  normal  0.0657242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7129  Ribonucleoside-diphosphate reductase  38.96 
 
 		 945 aa  60.5  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2399  hypothetical protein  29.29 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.406444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4112  hypothetical protein  33.33 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3507  ribonucleoside diphosphate reductase, B12-dependent  38.03 
 
 		 1281 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.127912 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2149  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.1 
 
 		 934 aa  57.4  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4229  hypothetical protein  32.73 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1411  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  39.73 
 
 		 962 aa  57.4  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0560908  decreased coverage  0.00000497983 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1453  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  39.73 
 
 		 963 aa  57  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.745934 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1431  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  37.5 
 
 		 948 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154618  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1235  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.67 
 
 		 1011 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432808 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1476  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  36.62 
 
 		 1098 aa  55.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00514202  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3326  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  38.36 
 
 		 1779 aa  54.7  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1586  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  38.16 
 
 		 1370 aa  54.7  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.945292  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4560  ribonucleoside-diphosphate reductase adenosylcobalamin-dependent  37.5 
 
 		 946 aa  54.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.847237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27570  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  38.36 
 
 		 955 aa  52.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17170  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  36.99 
 
 		 985 aa  52  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2599  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  34.29 
 
 		 1256 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2131  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  34.29 
 
 		 1263 aa  48.9  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1025  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  35.53 
 
 		 1331 aa  48.1  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400039  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3811  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  36.99 
 
 		 956 aa  47.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3898  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  32.47 
 
 		 951 aa  47.8  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1589  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1271 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.872862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1571  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  34.29 
 
 		 1265 aa  47  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1413  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1271 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114125  normal  0.496027 
 
 
-
 
NC_004310  BR1043  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  32.86 
 
 		 1264 aa  46.6  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1008  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  32.86 
 
 		 1264 aa  47  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1233  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1263 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.521746  normal  0.0561989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2912  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  32.86 
 
 		 1256 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.824334  normal  0.16669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1332  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1258 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2084  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  32.86 
 
 		 1263 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2544  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1257 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.944514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2380  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1262 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1384  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  32.86 
 
 		 1205 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.034072  normal  0.508089 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2441  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.94 
 
 		 1231 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3299  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  30.14 
 
 		 1244 aa  44.7  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0441324  normal  0.905318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4237  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1258 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  0.211473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3325  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1257 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1261  ribonucleotide reductase-related protein  30.56 
 
 		 978 aa  43.9  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.905113  hitchhiker  0.00163098 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1817  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  28.38 
 
 		 994 aa  43.9  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0780054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4674  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1241 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.411402  normal  0.22515 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0933  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1239 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0421297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2560  ribonucleotide reductase-related protein  33.8 
 
 		 918 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1162  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1218 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.897146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1218 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1236 aa  43.5  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1785  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.51 
 
 		 1224 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2472  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1236 aa  42.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474976 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1102  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1243 aa  42.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2247  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  30.56 
 
 		 925 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.22308  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1037  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1243 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2335  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  30.56 
 
 		 928 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1613  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  30.56 
 
 		 925 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1151  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  31.43 
 
 		 1217 aa  42.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210759  normal  0.34351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1124  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  28.38 
 
 		 1004 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0740505  unclonable  0.0000199078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2540  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  34.72 
 
 		 1354 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1247 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00235826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6038  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1243 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.482275  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1231  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1243 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0303  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  28.57 
 
 		 1243 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5426  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  31.51 
 
 		 963 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.675495  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3177  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  36.36 
 
 		 1032 aa  40.8  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>