28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_miscRNA2 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  100 
 
 		 215 bp  426  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    88.89 
 
 		 198 bp  123  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  87.12 
 
 		 214 bp  111  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA4  Cobalamin  91.94 
 
 		 219 bp  83.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0075    95.12 
 
 		 205 bp  65.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  61.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    95.35 
 
 		 199 bp  61.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    100 
 
 		 208 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    100 
 
 		 194 bp  54  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    94.29 
 
 		 212 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    100 
 
 		 223 bp  52  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    100 
 
 		 209 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5655  Cobalamin-2  100 
 
 		 225 bp  50.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0290608  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0063    96.55 
 
 		 206 bp  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  96.55 
 
 		 209 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    96.43 
 
 		 209 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    93.75 
 
 		 216 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0050    96.43 
 
 		 209 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193277  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    100 
 
 		 205 bp  48.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 193 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    93.75 
 
 		 256 bp  48.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    100 
 
 		 213 bp  48.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0034    96.43 
 
 		 189 bp  48.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA3  Cobalamin  96.43 
 
 		 194 bp  48.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0139315  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0030    100 
 
 		 224 bp  46.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00718589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 218 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 201 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0757  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  46.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0616812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>