13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0050 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0050    100 
 
 		 209 bp  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193277  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0011  Cobalamin riboswitch  95.38 
 
 		 203 bp  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.364566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    91.3 
 
 		 208 bp  81.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    87.5 
 
 		 209 bp  79.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    94.12 
 
 		 199 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 218 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0030    100 
 
 		 224 bp  48.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00718589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    100 
 
 		 256 bp  48.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.43 
 
 		 215 bp  48.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0012  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 198 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal  0.873584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0051    90.7 
 
 		 199 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0245414  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    100 
 
 		 194 bp  46.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  100 
 
 		 1155 bp  46.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>